在智利的海水养殖中，鲑鱼养殖业起步相对较晚。但是，历经15年也已发展成为了大企业。不过，如今智利的鲑鱼养殖业却陷入了困境。
智利的鲑鱼养殖业是在20世纪80年代引入非本地鲑鱼种后开始蓬勃发展的，90年代初智利又开始养殖外来种的大西洋鲑鱼。近几年，智利养殖鲑鱼的产量每年超过了10万吨，2003年至2006年的年出口收入平均增长22％。同时，鲑鱼养殖业还直接或间接地为智利创造了约5.5万个就业机会。到2006年智利已成为世界第二大（仅次于挪威）的鲑鱼和鳟鱼养殖生产国，水产品输出超过22亿美元。
智利鲑鱼扩大养殖是外包趋势和渔业全球化的产物，具备所有方便投资取得资本的必要特性：廉价劳力、保护水域的空间取得、宽松的管理和执行及成长中的市场。比起欧美国家来，智利的鲑鱼养殖业投资环境所遇到的阻力较少。
但在2007年，对北大西洋地区的挪威和苏格兰的鲑鱼网箱养殖造成了重大损失的传染性鲑鱼贫血症（ISA）开始在智利水域传播。幸运的是ISA病毒不会感染人类，但它的迅速蔓延却给智利的鲑鱼养殖业造成严重经济损失，迫使业界关闭大量加工厂并扑杀受感染的鱼。ISA使鲑鱼养殖业陷入了严重的财务危机，由于专家预测生产将会大幅减少，业界便开始大量裁员，估计有多达6000名鲑鱼养殖场的员工因此失业。
ISA传染病继续蔓延，推究原因是智利养殖场环境过于拥挤和存在卫生问题。养殖场成为各种寄生虫、真菌和细菌鱼类疾病的天堂，而寄生虫是困扰高度密集网箱的严重问题。海水鱼虱属寄生桡足类，常见于挪威、苏格兰和北美的大西洋鲑鱼箱网养殖，受感染鱼的生长受阻、抵抗力下降，而被寄生的鱼体会因此变得丑陋而失去市场价值。
鲑鱼养殖场通常都设置在野生鲑鱼的迁徙路线上，这就增加了海虱感染的危险性。好在智利的情况不同。因为智利本来就没有野生鲑鱼种群，所有养殖鲑鱼都来自进口。到目前为止，还没有任何有关智利在溪流中放养野生大西洋鲑鱼并建立起鱼群的确切报告。除养殖外，智利的确也引进过一些鲑鱼用以建立海洋牧场，并用于商业和休闲渔业，然而只有少数海洋牧场建立起了小型的可以自我维持的鱼群。
全球金融风暴也冲击着渔业。为了挽救鲑鱼养殖业，智利政府最近宣布鲑鱼养殖业拯救方案，以国家的担保为鲑鱼养殖业提供了4.5亿美元纾困贷款，期望能帮助解决资金和ISA传染病的问题。
但拯救方案刚宣布不久，非政府环保组织成员、工会和劳工领袖的批评声浪即起。环保人士抱怨鲑鱼养殖业造成了卫生、环保等问题，以及该产业不分青红皂白地密集使用抗生素，呼吁停止扩大鲑鱼养殖。尽管其经济部长已声明援助目的是要让工人和小区得以存活，企业主仍须自己出资继续经营。但批评声浪最高的仍然是劳工界，并伴随着大规模示威和抗议。
政府承诺将拨出400万美元以便能提供技能培训和创造多达3300人的就业机会，失业劳工在4个月的培训期内也能从政府手中领失业金。此外，政府还承诺为养殖业的失业人员提供900个公共工程工作岗位，但该行业多达7000名失业劳工要求的却是直接补贴和提供就业。更多的批评主要集中在大多数政府援助将落进企业口袋，而这些企业多年来赚取了巨大利润，却未曾好好管理养殖场，现在他们理应负起照顾自己的责任，而政府的钱应该专门用来照顾失业劳工。
无论政府援助争议之结果如何，期待智利海水养殖业终能克服眼前困难。一个小小的鱼类病毒有可能瘫痪整个工业和影响成千上万人民的生活。
