卫生部要求，各地卫生部门要在当地党委、政府的统一领导下，全力以赴地做好防控工作。要按照《传染病防治法》、《国境卫生检疫法》、《突发事件应对法》、《突发公共卫生事件应急条例》的规定和相关应急预案、工作方案和技术方案的要求，强化疫情监测报告，做好医疗救治、流行病学调查和实验室检测工作。要加强不明原因肺炎病例和流感样病例的监测，尤其要加强对有疫情发生地旅行史人员和病例密切接触者的监测。要严格执行疫情零报告制度，发现疫情必须及时准确上报，切实做到早发现、早报告、早诊断、早隔离、早治疗。要组织建立专家组，及时会诊可疑病例，研判疫情发展趋势，提出防控措施咨询建议。要强化专业技术人员培训，重视发挥中医药在防治工作中的作用。
各级卫生部门要根据本次疫情特点和本地区实际情况，修订和完善应急预案和工作方案，切实提高预案的实用性和可操作性。各地要进一步检查落实医疗救治和疫情防控准备工作，包括各定点收治医疗机构和急救中心（站）的床位、车辆、设备、设施、药品、防护用具准备，负压病房和负压救护车是否处于备用状态，各级疾控机构相关检测试剂、耗材、消杀药械和防护用具的储备，医务人员和疾控人员的诊断治疗、消毒隔离和个人防护等相关知识的培训，卫生应急值守的落实，卫生应急队伍随时待命，从而确保各项应对措施落到实处。各地卫生部门要与宣传部门密切配合，做好健康教育工作，广泛宣传预防知识。
各地要进一步加强和完善部门间和区域间的联防联控工作机制，确保甲型H1N1流感防控的信息共享、密切配合、有效协调、措施到位。各地在抓好疫情防控的同时，要广泛、深入开展好爱国卫生运动，广泛动员社会公众积极、自觉参与疾病预防，提倡健康生活方式和全民健身，增强全民体质，养成良好的卫生习惯。
