妨碍美国猪流感疫苗研制和生产进程的因素，除了培育病毒株的手段落后，与季节性流感疫苗生产日程冲突和疫苗研制新技术尚未得到广泛认可，以及投入国际社会疫苗生产力有限等因素，使甲型流感疫苗从研制，生产到投入使用将耗时不菲。
培养病毒株手段落后
目前，多国研究人员都致力于甲型流感疫苗的研发。可是，长期困扰流感疫苗研发与生产的阻力将使甲型流感疫苗的问世严重滞后。
传统的疫苗培育方式为，首先，研究人员把足够的新病毒株置入受精鸡蛋内，以培育一种同类异质的“候选株”。然后，科学家利用反向基因技术，通过遴选“候选株”中的H抗原和N抗原基因，研制能激发人体免疫功能、但不会给人体带来病症的病毒疫苗。经过提纯的疫苗通过临床人体安全检验后，才能根据政府要求，交付疫苗厂家大规模生产。
目前，美国科学家正在利用提取自美国和墨西哥患者身上的A型H1N1流感病毒株，培育疫苗所需的核心物质，即病毒“候选株”。
核心的病毒“候选株”最早有望于5月中上旬培育而成。美国食品和药物管理局负责甲型流感疫情的杰西·高德曼博士说，研究人员正在争分夺秒地培育“候选株”。
有科学家称新病毒株在传统的鸡蛋培育中生长缓慢。美国疾病控制和预防中心学者鲁本·多尼斯28日说，培育“候选株”的工作进度才到三分之一。实际上，在1997年H5NI禽流感跨国界跨洲传播时，很多科学家就已提出警告。他们抨击已近50多年没有发生革命性变化的鸡蛋培育病毒株手段，称这种落后的研发手段将使人类不断遭到流感病毒的袭击。
试点疫苗检测和需求量评估费时
美国政府官员和研究人员认为，妨碍美国甲型流感疫苗研制和生产进程的因素，除了培育病毒株的手段落后，与季节性流感疫苗生产日程冲突和疫苗研制新技术尚未得到广泛认可等因素，也使疫苗从研制到生产耗时不菲。
目前，2009年的季节性流感疫苗已在南半球投入使用，而其在北半球尚进行至生产阶段。对于生产日程冲突问题，美国卫生与公众服务部负责应急研究项目的罗宾·罗宾逊持乐观态度。他说，大多数疫苗生产商今年6月底前应该能完成今冬季节性流感疫苗生产。如果随后启动甲型流感疫苗生产，到今年9月，有望生产出首批5000万至8000万剂疫苗。
而世界卫生组织和国际制药业协会联合会此前一份研究报告显示，要制造出满足全球需要的新流感疫苗，可能需要4年时间。
流行病防控专家戴维·菲德逊担心，一旦甲型流感疫情大暴发，在疫苗生产跟不上的情况下，一些国家会限制出口药品，疫苗将主要留在生产国。
实际上，如果鸡蛋培育的病毒株众望所归进展顺利，到了初秋，疫苗生产商和相关部门将会着手于对试点疫苗的测试。这是关乎大众安全的非常重要的一个环节。1976年爆发的那次没有构成大规模疫情的猪流感引出了对疫苗安全性考察的争议。那次研发并投入使用的流感疫苗后来被证实将会有一百万分之一的可能导致注射者瘫痪（格林巴利综合症）。除此之外，需求量难以确定以及国际社会有限的疫苗生产力，都会成为甲型流感问世之路上的桎栲。英国莱切斯特大学（Leicester University）疫苗专家卡尔 尼科尔森接受电话采访时表示：“很显然，如果这种病毒发展成为大的疫情，疫苗将无法在第一波疫情前研制出来。”
