本次猪流感疫情对生猪及农业的影响远小于对人的杀伤力，生物医药行业比农业受的影响更大。从国内目前采取的措施来看，也是以生物医药行业为主来构建密集、高效的疫情防控体系。
对猪价不会产生实质性影响
4月29日，国务院下令禁止从美国、加拿大等国进口猪肉及制品。由于进口猪肉占我国猪肉总供应量的比重极低，因此限制进口不会改变国内生猪总的供应关系。
目前尚无明显证据说明猪流感是由于食用猪肉引起的，但心理层面的冲击仍然可能存在，预计会在一定程度上减少短期的猪肉消费量，疫情恐慌消除之后，猪肉消费量则不会受到实质性的影响。猪流感发生后，北京等国内主要城市猪价小幅下跌，但很难判断猪价下跌是否与疫情相关。决定生猪价格和猪肉价格的核心因素还在于供求关系和行业周期，而不是短期的突发性疫情。
从2008年4月份我国生猪养殖景气见顶以来，猪价与肉价持续下跌，目前仍未有企稳迹象。根据跟踪的信息，本轮生猪景气低点应在2009年10月份前后形成，届时猪价与肉价将会反弹甚至反转。但是目前阶段，疫情对供求关系的影响不大，因此，猪流感对猪价不会产生实质性影响。
对农产品价格或形成短期冲击
豆粕与玉米是生猪养殖饲料的主要原料，因此，疫情可能对这些农产品的需求产生冲击，进而影响农产品期货价格。
由于疫情首先暴发在国外，许多国家加强了对生猪养殖行业的管制，不排除部分国家采取大规模屠宰生猪的做法来消灭传染源，这样，豆粕、玉米等农产品需求增长前景短期蒙上阴影。这可能造成这些农产品期货和现货价格的快速下跌。但是，即使屠杀生猪，待疫情消除后，还需要大量补栏，因此，从供求角度来看，无论是国际还是国内的农产品价格都没有持续下跌的基础。
此外，美元也是影响农产品期货价格的主要因素，近期的农产品价格下跌或许与美元短期走强相关。
农业股下跌与疫情关系不直接
近期农业股持续下跌，走势明显弱于大盘，这与猪流感疫情的关系并不大。因为不仅畜牧业、饲料业公司股价出现下跌，种植业、苹果汁、种子等子行业也联袂下跌，因此可以理解为近期下跌是行业系统性风险释放所致。
农业行业短期面临的调整风险，主要由于三方面因素：其一，政策面较一季度力度趋淡，基于政策力度提升估值水平的投资预期暂时淡化；其二，2008年与2009Q1财报陆续披露后，农业公司面临系统性估值压力。业绩超预期的公司凤毛麟角，东方海洋、北大荒、绿大地、南宁糖业、国投中鲁等公司符合预期，通威股份、顺鑫农业、开创国际、好当家等公司则显著低于预期，农业公司面临系统性估值压力；其三，农业公司的机会重点在于10月份前后，即三季度末至四季度末是农业股较好的投资时点，二季度农业股缺乏系统性投资机会。
建议投资者继续以谨慎乐观的思路来对待农业股，谨慎的原因在于二季度业绩仍难以好转，乐观的原因在于三至四季度许多子行业及公司基本面会迎来积极的转折。
