绿色食品实施“从土地到餐桌”全程质量控制的标准化生产模式，推行“环境有监测、操作有规程、生产有记录、产品有检验、上市有标识”的全程标准化生产，其标准体系注重落实“全程质量控制”理念，形成了产地环境质量标准、生产过程标准、产品质量标准和包装、贮运标准等四大组成部分。
绿色食品标准体系是绿色食品生产、认证、管理等工作的技术依据，是实现绿色食品标准化生产的技术基础。截至目前，农业部已累计发布绿色食品标准142项，其中有效使用标准102项（包括准则类标准13项，产品类标准89项）。
目前仍有一些问题影响绿色食品标准体系建设：
———绿色食品标准不足，还不能完全满足认证需求。从2007年开始，农业行业标准的制修订工作重点转向基础性标准、检测方法标准等方面，产品标准虽然保留了绿色食品和无公害标准，但立项的数量不多。受此制约，绿色食品标准体系建设的速度无法跟上各地绿色食品发展速度，绿色食品标准也无法满足认证和管理工作的需要。
———绿色食品生产操作规程制定工作相对薄弱。截至目前，全国共发布绿色食品生产技术规程235项。由于相关部门的支持力度不同，各地生产技术规程制定工作发展存在很大差异，很多省份还没有正式开展这项工作。
———绿色食品产品标准难以覆盖全面。绿色食品标志商标注册范围几乎涵盖了所有的食品类别，包括新产品、小品种、区域性产品、功能性产品（保健品）等，因而产品标准要覆盖全面很不现实。新产品、功能性产品等产品标准的立项和制定，需要更加慎重对待。
———标准的滞后性问题。先有产品生产，才有标准规范，这是标准制修订工作的规律。但是这种滞后性与“依据标准认证”的要求存在矛盾，如能合理解决这个矛盾，将会对绿色食品事业快速发展起到保证作用。
中国绿色食品发展中心制定了《绿色食品标准制修订规划（2009-2010年）》，提出今后两年绿色食品标准制修订工作的主要目标和措施。
绿色食品标准制修订工作原则：
———符合实际，突出重点，分步实施。标准制修订规划将针对绿色食品产品质量与生态安全要求，对制约绿色食品产品质量、贸易，以及造成生产环境安全的重点问题，进行科学安排，分步加以实施。
———制定与修订相结合。根据绿色食品生产和贸易的需要制定新的标准以满足绿色食品产业发展需求；同时，及时对原有标准进行修订，以确保标准的科学性、先进性和适用性。
———注重实用性，避免重复。标准的制修订以产品标准和通则类标准为主。产品标准的覆盖面尽可能广，避免重复制标和标准间技术内容的重复交叉。
———强调标准的协调性。保证绿色食品标准与我国有关法律、法规和强制性标准的要求以及发达国家标准制定的原则基本协调一致。
绿色食品标准制修订工作目标：
利用2年左右的时间初步完善绿色食品标准体系，按照《绿色食品标准体系建设总报告》内容，全面制定完成绿色食品产地环境、生产过程、产品、包装贮运全过程标准，逐步提高国际标准采标率。
根据《绿色食品标准体系结构图》（见图），在2009至2010年补充制定《绿色食品———畜禽饲养防疫准则》、《绿色食品———海洋捕捞水产品生产管理规范》、《绿色食品———渔业饲料及饲料添加剂使用准则》和《绿色食品———食品加工清洗、消毒准则》等4项生产过程准则类标准。
关于“种植、养殖、加工生产技术规程”，中国绿色食品发展中心将于2009年颁布《绿色食品果树生产操作规程》和《绿色食品蔬菜生产操作规程》，结合优势农产品区域规划研究制定《全国绿色食品生产操作规程规划》。
根据《绿色食品产品标准构架》，2009至2010年完成《绿色食品———烘炒食品》等16项绿色食品产品标准的制定工作。另外，组织专家制定《绿色食品———米酒》等4项难以立项、但又有一定的申报需求的绿色食品产品标准，由中心发布实施。
到2010年底、2011年初，通过完成该标准制修订规划，《绿色食品标准体系建设总报告》中提出的2项环境标准、13项生产过程标准、2项包装贮运标准和119项产品标准将完全制定发布。从2011年起，通过修订原有标准，不断解决标准中存在的问题，完善绿色食品标准体系；对少量“标准体系”中没有涵盖的、申报绿色食品较多的新产品、区域性小品种产品，采取“拾遗补缺”的办法，经过风险评估后予以立项，进入标准制定程序，以进一步丰富绿色食品标准体系。
