当前，畜牧业和饲料工业面临的挑战主要体现在两个方面，一是产品质量安全问题。二是发展问题。
现阶段，我国畜产品和饲料质量安全形势虽然处于历史上的较好时期，但相对于畜产品和饲料质量安全要求、食品安全的需求以及国际竞争力的需要，问题还比较突出。今年三鹿牌婴幼儿奶粉事件的发生，对抓好畜产品和饲料质量安全起到了很好的警示作用。三鹿牌婴幼儿奶粉事件是一起重大的食品安全事件，给婴幼儿的生命健康造成损害，给社会稳定和国家形象带来负面影响，更使我国奶业发展陷入严重的困难和危机。消费者信心严重受挫，乳制品消费市场一度陷入低迷；生产企业产品大量积压，流动资金紧张，陷于停产、半停产状态；奶牛主产区普遍出现倒奶现象，个别地区出现宰杀奶牛现象，广大奶农生产积极性受到沉重打击；民族品牌信誉受损，一些国家（地区）禁止进口我国乳制品。
从9月21日至12月2日，全国13个奶牛主产省累计倒奶138574.1吨，占累计产奶量的3.3 %，造成的直接经济损失达3.74亿元。其中，9月22日最高倒奶量达16176.5吨，占日产奶量的23.6 %。在开展奶站专项整顿行动中，全国农业和畜牧兽医系统累计派出49.1万人次参加奶站专项整顿行动，其中各省（区、市）派出1.8万人次；各市（地、县）派出47.3万人次。全国共派出奶站监管员3.45万人次，开展奶站检查22.2万人次。
自2007年4月中国出口到美国的食品级谷物蛋白粉导致美国宠物事件发生以来，农业部高度重视饲料原料和饲料产品中“蛋白精”（主要成分是三聚氰胺）的查处工作。一年多来，先后开展了检测标准制定、饲料原料和产品监测、安全评价试验、违法违规案件查处等工作。三鹿奶粉事件发生后，按照国务院的总体部署，农业部开展了以饲料原料和饲料中三聚氰胺查处为重点的饲料质量安全整治行动。整治期间，全国累计出动饲料专项整治和执法人员36.93万人次，检查饲料企业、养殖场（户）25.04万个，取缔非法生产饲料的黑窝点 238个，立案调查违法企业和养殖场（户）278个，移交公安机关27家，查获没收、封存和销毁不合格产品3682.2吨。共对2.27万批次饲料样品进行了三聚氰胺检测，合格率为97.61 %，比今年上半年提高3.51个百分点。对不合格的产品全部进行封存、销毁和无害化处理，对相关企业进行依法查处，有力保障了饲料和畜产品质量安全。
经过前一阶段的饲料质量安全专项整治行动，全国饲料市场秩序明显好转，整治阶段性成效显著。但同时我们也要清醒地认识到，当前饲料质量安全仍存在着一些风险隐患，饲料质量安全监管工作仍有薄弱环节。一是饲料原料质量安全隐患较为严重。我国饲料原料来源广泛复杂，影响原料质量安全因素众多，玉米中霉菌毒素、重金属超标、蛋白质原料中掺杂使假等问题都给饲料质量安全从源头上带来的不少隐患。二是向饲料中添加违禁添加物的行为仍然存在。从近年来发生的瘦肉精、红心蛋、宠物饲料等突发事件可以看出，个别饲料生产企业和养殖户为牟取私利，向饲料中添加违禁药物和有害化学物质的违法行为仍有存在，严重影响饲料质量安全、威胁养殖生产。三是监管对象多、监管措施落实难。我国有1.5万家饲料生产企业和数万家饲料经营店，企业数量众多，水平参差不齐，监管难度大。一些饲料企业对原料和产品质量把关不严，饲料管理机构不健全，日常监管不到位，已经成为制约我国饲料质量安全水平提升的一大难题。
为深入贯彻落实饲料整治的各项要求，巩固扩大专项整治成果，保障饲料和养殖产品安全，促进行业持续健康发展，11月12日，农业部印发了《关于进一步加强饲料质量安全监管工作的通知》，对饲料质量安全整治工作做了再动员、再部署。《通知》要求各级农业部门要以最坚决的态度、最扎实的作风、最严厉的纪律、最有力的措施和最严格的标准全面加强饲料质量安全监管的各项工作。严格按照饲料中三聚氰胺含量不得超过2毫克/千克标准，对不合格饲料、违法企业和相关责任人进行严厉查处；要强化对蛋白质饲料原料的监管措施，建立饲料生产、经营和使用监管环环相扣、紧密相联的饲料质量安全监管体系；要与有关部门相互配合，严厉打击生产、销售问题饲料的违法行为；要求各级农业和畜牧兽医管理部门要在地方党委和政府领导下，落实属地管理责任，承担起保障饲料质量安全的重要职责。《通知》同时要求各地畜牧饲料管理部门加强宣传，争取投入，为保障饲料质量安全长效机制的建设创造良好的环境。各地畜牧饲料管理部门和饲料企业要按照加强专项整治的要求，高度重视，精心组织，狠抓落实，务求实效。
再从畜牧业和饲料工业生产发展看，当前也同样面临着许多新情况、新问题和新挑战：
1.生猪生产面临养殖效益大幅下滑的压力 2月份以来，全国猪肉市场价格持续下跌。截至11月份第4周，猪肉价格已连续下降42周，比今年以来的最高价格下降27.2 %。从4月份以来，仔猪价格连续33周下降，降幅为50.2 %；活猪价格上周小幅回升之前连续32周下降，以上周价格与今年最高价比较，降幅为30.5 %。由于生猪收购价持续下跌，养殖效益已经临近盈亏平衡点。据对6000户生猪定点监测户的效益核算，10月份平均出栏头重107.4公斤，出栏一头肥猪平均获利仅23元，比今年1月份减少543元。由于多数散养户高价购进仔猪育肥，出栏时又遇到肥猪价格低谷，造成严重亏损。
预计春节消费高峰过后，生猪生产将进入较关键的转折期。从生产看，农业部监测10月份能繁母猪占生猪存栏的比重达到11.3 %，高于9 %左右的正常水平，断奶前仔猪同比增长21.8 %。综合能繁母猪产能过剩和断奶前仔猪增加较多的情况，明年一、二季度能繁母猪产能将集中释放，肥猪供应量将明显增加。预计明年2、3月份春节过后，生猪出栏仍将继续增加。从消费看，近期在经济增长速度放缓的大背景下，虽猪肉价格缓慢下降，但消费仍然不旺，尤其是主销区消费动力不足。2008年上半年，城镇居民猪肉购买量为9.29公斤，比上年同期下降0.79公斤。据农业部集贸市场价格监测，10月份，广东和浙江省的猪肉价格为20.83元/公斤和21.46元/公斤，而湖南、四川分别为21.46元/公斤和22.47元/公斤，生猪主产区价格高于主销区价格。春节过后消费进入季节性低谷，价格将会出现较大回落，养殖效益将进一步下滑，亏损面将继续扩大。
2.奶牛生产形势不容乐观 随着清理整顿的深入，奶站监管和奶业生产恢复发展仍面临着诸多不确定因素和较大困难。按照《条例》规定，生鲜乳收购站只能由取得工商登记的乳制品生产企业、奶畜养殖场、奶农专业生产合作社开办。从清理整顿的结果来看，超过四分之三的兴办主体是个体私营投资和养殖小区，相当一部分还是流动收奶点，这些奶站经营主体成分复杂、数量较多，硬件设施达标难度很大。目前奶站布局不尽合理，规范奶站工作十分紧迫。
3.原料问题成为当前制约饲料和养殖业发展的重要瓶颈原料是饲料生产的源头和基础，也是饲料企业竞争力的核心和关键。我国是世界第一大饲料消费国，第二大商品饲料生产国，但蛋白质原料长期短缺，一直依赖大量进口，近年来，我国每年进口大豆3000万吨以上，进口鱼粉100万吨以上，蛋白质饲料供应不足已经成为当前制约饲料和养殖业发展的最大瓶颈。当前国际市场饲料原料价格一体化趋势明显，国外资本利用资金、区位和信息优势，拥有玉米、豆粕、鱼粉等大宗饲料原料定价权，使我国饲料原料长期受制于人，导致了近几年饲料原料价格的大起大落，增大了我国饲料生产企业的生产成本和经营风险。另外，从近3年饲料质量安全监测数据看，我国饲料料特别是蛋白质饲料原料质量安全水平呈下降趋势，原料霉变、蛋白质原料掺假等问题已成为影响饲料和养殖产品质量安全的重要因素之一。
与此同时，尽管当前重大动物疫病基本稳定，但重大动物疫情防控形势依然严峻，防控任务非常艰巨；加之由于畜牧业生产水平整体不高，规模养殖比重相对偏低，生产方式落后；全球金融危机的发生对国内畜牧业生产、畜产品消费和畜产品出口市场形成严峻挑战。
