(3)转基因大豆及其产品可能会影响人体对抗生素产生抗性。转基因大豆中引人了外部基因，如果这些抗生素标记基因进入人体，则有可能转移到有害的致病菌中，从而使它们产生耐抗生素的能力，降低抗生素的临床有效性，也可能使人体对很多抗生素产生抗性。
(4)转基因大豆及产品可能引起跨物种感染，使人类感染动物的疾病，带来严重灾难。转基因食品中引入特定的基因或病毒，为跨物种感染埋下了通道。尽管转基因食品引起跨物种感染的发生的概率非常小，但考虑到它的破坏性之大，不得不加倍慎重对待。
(5)转基因大豆中存在未知DNA，可能带来新的不安全。人类对转基因大豆的研究很可能超出人类控制的范围，转基因大豆很可能发生人类没有预料到的变化，当然也可能给人类健康安全带来新的风险。
3正确对待进口转基因大豆带来的风险
进口转基因大豆是一把“双刃剑”，既满足了中国国内对大豆的需求，也严重影响了中国大豆生产和加工环境，给大豆生产和加工行业带来了很大的不确定性，同时也存在影响自然生态环境的可能性。因此要正确地认识和对待进口转基因大豆带来的风险，扬长避短，充分发挥进口转基因大豆的作用。
3．1进口方面
要进一步加强对进口转基因大豆的监督和管理，同时完善进口转基因大豆可溯性机制，加强对进口转基因大豆运输、加工和销售的监管，确保转基因大豆食品安全，防止转基因大豆污染非转基因大豆；按世界惯例，建立转基因市场预警系统，合理调整大豆进出口许可证发放速度，避免集中进出口尤其是集中进口给市场带来的波动；政府要进一步重视转基因大豆进口政策，组织有关部门从国内大豆需求、国际大豆市场、资源安全和食品安全4个方面，从当前利益和长远利益、从经济效益和社会效益多个角度来完善中国转基因大豆进口政策体系，建立适合中国国情的转基因大豆食品贸易体系。
3．2国产大豆生产方面
必须扭转中国国产大豆相对于进口转基因大豆的恶劣地位，大力推动国产大豆生产行业的发展。一方面要继续提高中国非转基因大豆的国际市场竞争力，利用非转基因标识提升国产大豆的价值，促进大豆产业的健康发展；继续推行农业部“大豆振兴计划”，进一步降低大豆成本；继续推广优质高产大豆品种，提高大豆品质和质量。另一方面，转基因技术在农业生产上的应用是一次新的科技革命，它对于解决人类和社会发展所面临的食物短缺问题具有重要意义，中国必须在这一技术领域中具有自己的优势。要加强中国转基因大豆的研究和开发，应侧重于发展提高品质和单产的转基因大豆，并充分关注转基因大豆带来的各种生态风险和食品风险，充分吸收和借鉴发达国家转基因大豆研发方面的经验和教训，发展具有中国特色的转基因技术。
3．3国产大豆加工方面
对大豆加工资源进行整合，壮大大豆加工企业实力；扶持大豆加工企业的发展，采取切实有效的措施，例如提供补贴、提供优惠贷款、出口补贴等等，鼓励企业以国产非转基因大豆为生产原料，提高中国国产大豆加工企业的竞争力；充分发挥中国企业非转基因原料优势，加大在国际市场和国内市场上的宣传力度，积极参与国际市场竞争，严格质量检测，创建自己的名牌，加大出口力度，占领更大的国际市场；支持国内大豆加工企业以进口大豆加工的方式来进行市场运作，各级政府要取消对大豆加工企业的强制性于预。
3．4转基因大豆食品安全方面
进一步完善转基因食品法制建设，落实相关法律、法规、条例和条款，从法律高度，在全国范围共同规范转基因大豆及作物商品化的安全性问题；要充分尊重消费者的知情权和选择权，要多方面、多渠道宣传转基因大豆食品的安全性，使消费者尽可能充分掌握转基因大豆的真实信息，自主选择转基因大豆食品。
