改革开放以来，福建畜牧业产量不断增加，产值不断增长，质量不断提升，已经成为农业发展的支柱产业。从1995年到2006年，肉蛋奶总产量从135.93万吨发展到264.7万吨，增长了近2倍（生猪出栏从1000.84万头到2229.36万头，增长2.2倍）；总产值从1995年的144.45亿元增加到2006年的279.7亿元，增长1.93倍；2007年全省规模养殖场和屠宰场共抽检了生猪尿样31047批次，检出盐酸克伦特罗阳性23批次，阳性率仅为0.07%。
当前，福建省畜牧业发展呈现规模化、区域化、产业化、生态化的明显特征。2007年全省生猪饲养50头以上的规模化率达77%，蛋鸡饲养500只以上规模化率达89.5%，肉鸡饲养2000只以上规模化率达81.5%；龙岩市、福清市、延平县的生猪，光泽县、永安市的肉鸡，南平市的奶牛，莆田市的禽苗区域集中度进一步强化，形成了明显的区域优势产业；产业化龙头企业成长迅速，目前全省畜牧产业有19家全国农业产业化龙头企业，16家省级农牧龙头企业；生态养殖越来越普及，光泽圣农鸡粪发电的废弃物资源利用模式、尤溪光华猪沼林（果、菜、菌）消纳模式、莆田优利可生物发酵舍零排放养猪技术等模式正逐步得以推广。
然而，福建省畜牧业的发展，仍受到动物疫病风险的不确定性、畜禽产品质量安全存在隐患、饲料资源短缺及养殖污染的困扰等因素制约。由于在短时期内还将继续存在，点多面广，生产及防疫不规范，防疫难度大；非法使用瘦肉精等违禁药物、制售假冒伪劣饲料、兽药残留等问题在少数地方依然存在，生产、流通以及加工等环节质量安全仍有隐患；福建是一个缺粮省，饲料粮基本依靠外调，优质饲料消耗量大，世界性的粮食紧张、粮价上涨，使饲料粮短缺问题更加突出，直接影响养殖成本；尽管养殖污染治理有了不少技术模式，取得了一定成效，但是，从总体上看，随着畜牧业不断发展，环境的承载压力也越来越大，尤其是畜禽粪便尿的排放污染日益严重，每年全省仅养猪造成的粪污量接近6000万吨，而治理率低，占不到1/3。
分析福建省畜牧业目前的现状，呈现的特点、面临的制约因素，要实现整个产业的可持续发展，使之成为福建农业经济发展的重要力量，在国民经济中发挥更加重要的作用，必须扬长避短。
转变畜牧业发展方式，主要是扶持规模化养殖，推行标准化生产，实行产业化经营，实施工业化运作。
扶持规模化养殖这是畜牧业可持续发展的必要前提。有规模，才有效益，才便于疫病防控，才谈得上产业化。福建省规模化养殖已经走在全国前头，但散养点多面广的局面仍然存在。要继续扶持规模化养殖，因地制宜，落实规模养殖用地政策，不断减少散养比例，使规模化成为常态。同时，大力调整畜牧业养殖结构。据统计，2007年全省牛羊肉产量5.3万吨，仅占肉类产量的2.5%，明显偏低，山地多草资源丰富的优势未得到充分挖掘，如果大力扶持草食动物的发展，还可以减轻饲料短缺的压力。
推行标准化生产这是畜牧业可持续发展的必然选择。有标准，畜禽产品才可优质化，才可创造畜牧业公平合理的竞争秩序，也是开拓国际市场的需要。近年来，福建省每年扶持12个标准化示范场，国家也已经连续两年补助部分标准化场，提升了畜牧业标准化水平。但在推行标准化生产方面，还有很多事情要做，包括尽快制定、修订相关标准，将市场对畜禽产品的具体要求，量化为生产者可以掌握的标准，建立健全市场准入、行业准入制度，检测监督认证体系以及法律保障体系等。同时，大力实施畜禽良种工程，促进畜禽育种和资源保护。
实行产业化经营这是畜牧业可持续发展的必由之路。产业化经营有利于增强畜牧产品市场竞争力，有利于推进畜牧产业链条的延伸和完善，有利于企业和农民实现合作共赢。当前，国家政策和市场因素都十分有利于产业化经营，要以规模化、区域化、标准化为前提，继续扶持建立一批龙头企业集群示范基地，实施品牌战略，在财政、税收、信贷、保险等方面为产业化经营提供支持和服务。这种帮助农民进市场，提高农民组织化程度的措施，也符合世贸组织的支持政策框架。
实施工业化运作这是畜牧业可持续发展的必要手段。随着畜禽产品数量丰富和需求基本满足，工业化运作拉动畜牧业可持续发展显得日益突出。要用工业理念谋划和管理畜牧业，借鉴工业组织形式，推进专业化分工、集约化生产；借鉴工业融资方法，开展畜牧业资本运营，形成多元化投入格局；借鉴工业市场营销，打造畜禽产品现代物流，推进营销方式创新。同时，大力发展畜禽产品加工业，培育壮大加工企业集团，提高加工业产值比例。
加大动物疫病防控力度，加强免疫，做好监测，强化监查，演练预案，构建队伍稳定、保障有力、处置高效的动物疫病防控体系。
加强免疫免疫是当前防控动物重大疫病的主要措施，对禽流感、猪高致病性蓝耳病、口蹄疫、猪瘟四个国家强制免疫病种，要按照农业部“应免尽免，不留死角”的要求，落实到位。同时，对非强制免疫的病种也不能掉以轻心，因地因场制宜，视情开展免疫。
做好监测监测是检验免疫效果及免疫工作是否到位的有效手段，适时开展监测，把握适当的监测面和监测频率，并及时汇总、分析和报告，提供准确的监测结果。
强化督查督查是上级职能部门对下级开展免疫工作情况的督促和检查。近年来，各地已经创造出行之有效的督查方式和方法，对免疫工作有重要的促进作用。要不断总结和完善督查机制，使之形成制度。
演练预案根据重大动物疫情发生的分级原则，省级及其以下的相关政府和部门尤其要抓好预案的演练工作，有备无患，末雨绸缪。
强化畜禽产品质量安全监管，特别是加强投入品监管，加强流通过程监管，建立可追溯体系，做好病死动物无害化处理。
加强投入品监管建立和完善畜牧业投入品的禁用、限用制度，引导和指导养殖企业科学用料用药。加大对“瘦肉精”、莱克多巴胺、苏丹红、“蛋白精”等的监管力度，源头把关，倡导健康养殖。对全省23个重点城市的牲畜定点屠宰100%实施“瘦肉精”和莱克多巴胺的监管。
加强流通过程监管贯彻生猪定点屠宰制度，县级以上城区屠宰率达100%，乡镇达95%以上，定点屠宰检疫率达100%。推广石狮等地商品畜禽集中屠宰、集中检疫、白条肉上市的经验，引导科学消费，减少活畜禽流通。规范批发市场交易方式，加大对活畜禽交易市场的监管力度。加强省际间动物及动物产品流通的检疫监督工作，预防省际疫情传播。
建立可追溯体系全面推行新型二维码耳标，做好动物标志及疫病可追溯体系建设试点工作，在福清、新罗等地推行移动智能识读器的配备、数据录入、系统建设等工作，在开展试点的基础上，认真总结经验，逐步扩大推广范围。
做好病死动物无害化处理依法严厉打击加工销售病死畜禽的违法行为，严禁病死畜禽流入市场引发畜禽产品安全问题。在福清、晋江、龙文、芗城、新罗、上杭、永安、邵武等8个县（市、区）以及重点乡镇设立简易病死动物处理池，开展不同类型动物无害化处理试点工作。
大力发展畜牧业循环经济，通过立法规范，制定规划，宣传发动，推广技术，改变传统的把畜禽粪便当作废弃物处理的做法，把畜禽粪便当作资源进行再利用。
立法规范国家已将《循环经济法》列入立法计划，福建省可以依照该法制定《福建省循环经济实施条例》和《福建省农业循环经济实施办法》，以法规形式明确政府、企业、农户在发展循环经济中的权利与义务，包括建立畜牧业污染治理的监管机制和治污不达标养殖企业的退出机制。
制定规划职能部门结合实际，从畜牧业循环经济发展模式、资源循环利用、投入品减量化、节能减排等方面制定发展规划，提出发展的目标、重点、实施步骤和保障措施。
宣传发动循环经济是新的概念，新的发展理念，需要对公众尤其是生产者加大宣传力度，增强主体发展循环经济的能力。宣传到位，发展畜牧业循环经济就会事半功倍。
推广技术技术推广部门要按照职能，探索和总结实践中已经成熟的养殖污染治理技术，重点在资源的节约和高效利用、废弃物的资源化利用、产业链延伸过程中的清洁生产等方面，总结技术经验，组织推广应用，促进有效转化。
