在国家科技支撑计划的支持下，我国良种繁育新技术研究与畜禽品种选育核心群建设发展迅速，已选育出多个重要畜禽水产新品种。
将分子标记辅助选择技术、牛羊Ｘ/Ｙ精子分离育种技术、幼畜体外胚胎生产技术、牛羊高效排卵控制技术以及公畜精液长效保存技术等多种技术进行集成创新，建立了牛羊高效选育技术和快速扩繁技术两大技术体系。初步构建了优质、稳定的体细胞库，为转基因动物育种、体细胞核移植，以及干细胞研究提供优质的细胞材料，形成完备的卵母细胞培养、保存平台，建立牛、羊、猪的新鲜卵母细胞体外成熟培养体系，获得国内首例冷冻卵母细胞体外受精犊牛，填补了国内空白。
通过奶牛生产性能测定、体型外貌鉴定、青年公牛后裔测定等登记中国荷斯坦奶牛头数达10.1万头，性能测定总头数达到87980头。选出了56头有后裔测定成绩的优秀种公牛，选育出核心群种子母牛1000头。通过收集生产性能和DNA样品，确认了ABCG2、OPN和PRLR等8个影响乳蛋白含量的新功能基因及其多态性位点遗传标记，组建了高蛋白系核心种子母牛群，选育出10头高乳蛋白系公牛。开展了三河牛和新疆褐牛的品种资源调查，建立了11000头三河牛的登记数据库，形成100头核心群、10000头扩繁群的模式；形成了规模为700头（成母牛）的新疆褐牛育种核心群。应用肉牛线性评分方法，对鲁西牛肉根据体型外貌对基础牛群做出个体选配计划，组建秦川肉牛开放育种核心群和红安格斯牛育种核心群。
利用我国东北民猪、莱芜猪、淮猪、清平猪、藏猪、北京黑猪、荣昌猪、撒坝猪8个优良地方品种资源选育配套系（品系），从繁殖、肉质、生产等性能和饲料转化率等对作为母系的8个地方品种进行了测定。通过对褐壳蛋鸡和白壳蛋鸡纯系进行持续选育改良，形成了2个各具特色的优质高产蛋鸡新品种（配套系）。新培育的白羽肉鹅新品系具有繁殖性能优良、早期生长速度快、成年或上市时全身羽毛纯白等优点，既适合产业化肉鹅生产企业和各种肉鹅生产者，也可用于羽绒生产或兼顾羽绒生产。
在水产新品系选育方面，建立了49个尼罗罗非鱼家系，鲤F2选育家系81个和对照家系19个，牙鲆半同胞家系和全同胞家系63个，大菱鲆28个父系半同胞家系，64个母系全同胞家系。建立了中国对虾48个全同胞家系，其中包括7个半同胞家系，4个F2代家系；筛选出抗高氨氮的家系13个，抗高pH的家系16个。建立斑节对虾同胞家系44个、半同胞家系22个。建立了35个青虾家系，培育了75个凡纳滨对虾抗WSSV家系。获得了马氏珠母贝8个家系和1个选育群体。
在牧草、特种动物新品种选育方面，进行了优质高产抗逆苜蓿和饲料作物新品种选育，培育出牧草新品种科尔沁尖叶胡枝子，2006年通过牧草新品种审定。创制了家蚕抗NPV病毒、天然绿色茧、低练减率品种3个育种素材，选育了长丝长高品位生丝三眠蚕品种“苏科×四季”，确定了适合于夏秋季饲养的家蚕品种杂交组合4个；选育出优质、高产、适合条桑收获的桑树品种2个，在江苏、浙江、内蒙古等省（区）进行了中试种植。对高癸烯酸蜜蜂种群进行了筛选和闭锁繁育，已完成核心群60群，癸稀酸含量超过1.8%。
