全球生物燃料浪潮的高涨，不是因为可以改善环境和为气候变化问题提供解决方案，而是看中有丰厚的利益可图，并确信政府会提供政策支持和补贴。
汽车、粮食和转基因农业产品业获益最大。为什么跨国公司会对转基因种子感兴趣呢？首先是因为他们已经控制了市场上绝大部分种子的销售，90%的种子来自孟山都公司（Monsanto）、先正达公司（Syngenta）、杜邦公司（Dupont）、贝尔公司（Bayer）、陶氏公司（Dow）和巴斯夫公司（BASF）；其中前三家公司占据了全世界受专利保护种子销量的44%。如果他们成功巩固专利种子在销售中的份额，他们将可以通过控制种子来控制食品供应链和燃料并增加赢利。所有生产转基因种子的的跨国公司都已经对生物燃料研发进行投资。重点是含油量高的转基因作物如含糖和淀粉的作物；及能提高转化效率的酶和转基因细菌。
受生物燃料种植合约的诱惑，垄断跨国公司在向购买少量种子或者不购买种子的小农渗透的同时，将进一步扩张市场，强大的公司联盟不断出现。
杜邦和世界上最大的谷物公司之一的Bunge公司共同创办了Treus公司，它致力于玉米和大豆的杂交以生产生物燃料。杜邦还与英国石油结盟从小麦和生物丁醇中生产乙醇。并与Syngenta公司签署10年的合作协议生产抽取乙醇的转基因酶。
孟山都公司和巴斯夫公司共同投资15亿美元研发玉米、大豆、棉花和菜籽油的转基因种子。和嘉吉公司（Cargill）一起共同创办了Renessen公司，这家公司专门为生物燃料和饲料生产转基因玉米和大豆。孟山都公司与陶氏公司已经签定生产转基因种子的协议，这些种子将对8种除草剂产生抗性并使自己成为杀虫剂。这反应了转基因种子对除草剂的抗性，这一优点促使对转基因种子的需要量越来越大。对那些不提供给人使用的转基因植物，人们有可能在种植过程中使用份量更重毒性更强的除草剂。这些种子将不会得到消费管理机构的支持，因此这可能增加人类食用谷物被污染的风险。随着跨国公司的扩张，对转基因种子的全球性抵制和觉醒正在形成，这将是场严酷的战争。
