动物的消化系统特别是肠内有上百种、数百亿的细菌形成肠内菌丛，它与动物健康有着密切的关系。肠内菌丛在发挥各种营养生理学作用的同时，还可以抑制病原菌增殖等防御感染的作用。家畜的大肠菌症、沙门氏菌症以及梭状芽孢杆菌肠炎的发生都与肠内菌的状态有密切关系。因此，使肠内菌丛的平衡保持正常对维护动物健康是必不可少的。它与畜禽生产中的各项指标的提高和改善有密切关系。
其中含有大量乳酸菌、酵母菌等多种有益微生物，作为饲料进入畜禽体内后，能迅速繁殖，一方面投入菌种的代谢物中和肠内毒素，抑制了其他有害菌丛的生长，另一方面在宿主体内形成了正常微生物菌群，为宿主合成主要的维生素，提供营养和阻止致病菌的入侵。
微生物饲料添加剂的作用机理
1．抑制有害菌的繁殖，使肠内菌丛保持正常。
抑制和阻止肠内有害菌的发生，使有益菌增加，恢复维持健康的肠内菌丛。主要是抑制病原大肠菌、梭状芽孢杆菌、沙门氏菌、β溶血性类细菌等的繁殖。
2．产生消化酶，合成维生素可以产生淀粉酶和蛋白酶等消化酶以及维生素B群，另外维生素A的合成也已被证实。
3．增强免疫作用，通过刺激肠道内免疫细胞，增加局部抗体的形成，从而增力。巨噬细胞活性。微生物饲料添加剂中有增强免疫作用的维生素A。
4．产生过氧化氢，过氧化氢对几种潜在的病原微生物均有损害作用，它是由一些特殊的物质在一些基质上形成的。
饲养效果
产前母猪从母猪分娩前15日起对其投放，可使母猪采食量加大，消化改善，增大泌乳量，能有效地控制母猪便秘等不良症状。母猪产下子猪死胎数大大减少，子猪毛色光润，体形均匀，生长整齐，子猪的初生重有明显提高（6％~8％）。
哺乳子猪子猪产下后肠道内定居的微生物主要源自母体，母猪食用微生物饲料添加剂后，子猪肠道内有益菌群的大量扩繁起主导作用，可有效控制病原菌的生长，从而对子猪的早发性及近发性大肠杆菌病即黄白痢，有十分明显的控制作用。
