自2005年大陆不断扩大台湾水果进口准入范围以来，台湾水果及部分农产品(行情论坛)出口大陆取得一定成效，但专家表示，目前台湾水果出口大陆仍面临运输成本高等五大突出问题。
18日，在“海峡两岸品牌农业发展论坛”上，中国农业科学研究院海峡两岸农业发展研究中心主任任爱荣表示，根据2007年的调研结果显示，台湾水果及部分农产品出口大陆目前仍存在的突出问题在于：
一是运输成本高。由于两岸目前仍未实现直航，台湾水果出口大陆的运输线路仍要绕经第三地转口进入大陆，致使台湾水果出口到一些主要大城市的运输成本仍居高不下。
二是建立稳定市场销售渠道与货源供应的矛盾。两年来该中心多次到福建、广东、上海、北京超市和卖场做过调研，超市运营商始终反映台湾水果量太少，不能形成稳定供货，几乎不可能设立专柜来销售。
三是通关便利与严格检疫的矛盾。自2005 年3月起，大陆许多口岸的海关、检疫部门相继出台便捷通关措施，以保证台湾农产品（水果）快速、及时通关。广州、福建和上海等地基本相似。福建检疫部门的调研显示，这些快速检疫措施加快了台湾水果的通关速度，但对于检疫部门而言，快速检疫和严格控制疫病虫害的进入是个两难选择。
四是台湾水果进口运营商对大陆内销市场通路不熟悉，还未形成成熟的运销网络。近两年来台湾水果进入大陆的总量规模有限，多数以展销会的形式售卖，只有少数商家建立起了自己的分销渠道和网络，但在规模上与大陆水果运营商相比差距悬殊，因而交易成本高，甚至水果出口到大陆后出现卖难问题。
五是台湾地区水果面临东南亚国家进口水果和大陆本地水果的竞争。
