1999年1月13日，因为性格和多方面的利益冲突，被郑俊怀抛弃的牛根生带着几个旧部下成立了蒙牛乳业有限责任公司。同年6月，募股开始。8月18日，内蒙古蒙牛乳业股份有限公司注册成立，注册资本1398万股。事实上，各种方式筹集到的1000多万资金连建个厂都不够。当时需要的一台液态奶设备价值2500万元，那是一个过于奢侈的数字。
资金总是捉襟见肘，牛根生一面强调对资本“取之有道”，紧紧地把企业“话语权”掌握在自己手里，一面有意识地搜寻投资者。在2002年春节联欢晚会上，牛根生与摩根士丹利投资经理结识，经过11个月20多轮的谈判，同年12月19日，蒙牛与美国摩根士丹利、香港鼎晖、英国英联三家公司举行了投资入股签字仪式，三家公司一次性向蒙牛投资2600多万美元（折合人民币2.16亿元），共持有蒙牛乳业约32％的股份。时隔一年，在2003年第四季度，这三家国际投资机构再次向蒙牛增资扩股3500万美元，至此，蒙牛成为摩根士丹利在亚洲地区直接投资额最大的企业。在获得这些相当多数目的可支配资金之后，蒙牛开始了一系列产业扩张。
海外资本的介入不仅仅起到了输血的作用，更重要的是提升了蒙牛的视野，在短短的几年中，蒙牛的资本运作战略可谓步步为营，让人眼花缭乱。
2002年6月，摩根士丹利等海外投资者在开曼群岛注册开曼群岛公司和毛里求斯公司，后者是前者的全资子公司。根据开曼公司法，公司的股份可以分成A类和B类，A类一股有十票投票权，B类一股有一票投票权。9月，蒙牛注册了另外两家壳公司：金牛公司银牛公司。10月，“金牛”与“银牛”以1美元／股的价格，购得开曼公司A类股票5102股。而开曼公司48980股的B类股票则被摩根士丹利等三家外资金融机构以2597.3712万美元购得。因此，蒙牛系与摩根系在开曼公司的投票权是51∶49；股份数量比例是9.4∶90.6。在完成三方注资之后，开曼群岛公司以战略投资者提供的2597.37万美元认购了毛里求斯公司的98％的股份，毛里求斯公司又利用此笔资金从蒙牛的法人股东和部分自然人股东手中收购了其66.7％的股份，蒙牛第一轮引资与股权重组完成。从资本运作来看，开曼群岛公司和毛里求斯公司的作用在于构建二级产权平台，以利于股权重组。这一过程中看似蒙牛原有股东利益丢失，但实际上已转移到银牛公司中去，各方利益获得相对合理的保障和安排。
2003年8月，蒙牛管理层提前完成任务。9月19日，蒙牛系的A类股全部转化为B类股，持有开曼公司51％股权和投票权。
此时，为了促使三家战略投资者的二次增资，2003年9月30日，开曼群岛公司重新分类股票类别，将已发行的A类、B类股票赎回，并以900亿 股普通股和100亿股可换股证券代替，二者的每股面值也均为0.001美元。金牛、银牛、MS Dairy、CDH和CIC原持有的B类股票对应各自面值转换成普通股。2003年10月，三家战略投资者认购开曼群岛公司发行的可换股证券，再次注资3523万美元。
上市一跃
2004年，蒙牛乳业为上市做了最后的准备。1月15日，牛根生从谢秋旭手中购得18100920股蒙牛股份，占蒙牛总股本的8.2％，牛根生第一次正式走上蒙牛股权结构的前台。3月22日，若干银牛股东向两名内部人士转让了3244股银牛股份。同日，金牛、银牛分别向各自当时的若干股东发行及配发32392股和32184股股份。其中，银牛第一大股东谢秋旭按面值认购了20446股银牛股份，持股比例上升至63.5％。
值得一提的是，权益计划是蒙牛乳业上市前一个很有特色的激励方式，虽然它本身不涉及上市公司股权，但在股东公司层面的这种激励方式从所涵盖的对象范围、换股价格等方面都具有很强的实际效果。特别是当金牛、银牛“公司权益计划”的受益人将此转换成对应股权时，如果蒙牛乳业上市，其对应于上市公司的价值会随着蒙牛乳业二级市场股价的浮动而成为更富有成效的激励机制。
