大豆是遗传工程最困难的作物之一，首先是因为大豆组织培养还不够成熟，虽然有很多报道认为可以从大豆下胚轴、子叶节、子叶、叶片、幼荚子叶、未成熟胚、花药等外植体获得再生植株，但频率较低，重复性较差。其次是因为大豆对农杆菌十分敏感，一经感染，难以从特殊组织或细胞再生植株。由于大豆的重要性，研究者们一直试图创立有效的组织培养和植株再生体系。无论如何，大豆遗传转化还是取得了很大成功。最早有关大豆遗传转化的研究大多利用原生质体为外植体。1988年 Hinchee 等首次利用农杆菌介导法获得了大豆转基因植株，将 nptⅡ 基因和草甘瞵抗性基因导入了大豆；McCabe 等利用基因枪法获得了转 nptⅡ 基因的大豆植株。1989年 Parrott 等利用基因枪法获得了转玉米 15kDa 醇溶蛋基因和 nptⅡ 基因的大豆转基因植株；刘博林等采用合子期子房微注射的方法，将龙葵的抗阿特拉津基因 psbA 导入了大豆叶绿体基因组，获得了转基因大豆Sato 等利用基因枪法通过细胞悬浮系经胚胎发生途径获得转化的大豆再生植株；Christou 等利用电击转化法获得了多个外源基因稳定表达的转化细胞系。Finer 等利用基因枪轰击大豆胚状体悬浮培养物，以潮霉素为选择剂，获得了大量再生植株。黄健秋等利用改良 PEG 介导法对大豆原生质体进行 GUS 基因转化，检测到了 GUS 基因的稳定表达。Stewart 等获得了转 CryIA 基因的可育大豆植株；美国 Monsanto 公司利用基因枪轰击方法将编码5-烯醇-丙酮酸莽草酸-磷酸合成酶 (EPSPS) 基因转入大豆植株，获得了抗除草剂转基因大豆，利用农杆菌介导法将抗除草剂的 Roundup 基因转入大豆，培育了 Roundup Ready 转基因大豆，得到了大面积产业化；Wei 等利用 PEG 法将外源基因导入大豆原生质体，得到了转基因植株。徐香玲等利用农杆菌介导法将大豆花叶病毒外壳蛋白基因转入了大豆植株；南相日等获得了转 Bt 基因的大豆植株。Zhang 等实验发现，在子叶节转化体系中，利用 bar 基因和相应的筛选剂 glufosinate，选择效果明显优于其它标记基因。Xing 等通过构建二段 T-DNA 的双元表达载体，获得了无筛选标记的转基因大豆植株。Sato 等利用农杆菌介导法将从琉篱苣中克隆的 Δ-脂肪酸去饱和脱氢酶基因转入了大豆植株，获得了无筛选标记的转基因品系，其籽粒中 γ-亚麻酸含量显著提高。此外，人们还在尝试将葡聚糖酶基因、核糖体失活蛋白基因和几丁质酶基因转入大豆，提高大豆对真菌性病害的抗性，将维生素A 合成相关基因转入大豆，改良大豆营养品质，将核酮糖1,5二磷酸羧化酶基因转入大豆，改良大豆光合效率，提高大豆产量。
