中国水产品出口所面临的主要壁垒包括：
1、技术性贸易壁垒
近年来，随着经济全球化和贸易自由化进程的加快，关税逐渐降低，进出口数量配额、许可证制度、外汇管制等非关税措施日益受到约束和限制。相反，以技术法规、技术标准、认证制度、检验制度为主要内容的技术性贸易措施突出，影响和作用越来越大。
当今，技术性贸易措施变得更加复杂和隐蔽，技术壁垒成为最普遍、最难以对付的贸易壁垒，其主要包括技术法规、技术标准、质量认证（合格评定）、检验程序和检验手续、计量单位制、包装、标志标签、条码等，并且已经从商品流通领域扩展到生产加工领域，不仅包括货物商品，还延伸到金融、信息等服务产业，成为非关税壁垒的主要组成部分，成为各国保护产业和促进对外贸易发展的重要手段。
技术性贸易措施现已经成为我国出口的主要障碍，已经取代反倾销，成为我国出口面临的第一大非关税壁垒。我国每年受反倾销措施影响的出口额仅占全年出口额的1％左右，而受技术性贸易措施影响的出口额已超过25％，约为450至500亿美元。
我国水产品的传统出口市场主要是欧盟、美国、日本、韩国等地，由于2001年以来欧盟对我国动物源性产品进口设限，美、日、韩等国外商家也拼命压价，导致我国水产品出口十分困难。国内企业为保住客户，只有降低价格，致使利润大幅下降；同时又怕价格过低，引起反倾销制裁，有时被迫放弃到手的订单。
更为严重的是，目前美、日等国家已在水产品检测方面提高标准。技术壁垒成了一道拦水坝，从世界各地围困我国的“虾兵蟹将”。
2、“绿色壁垒”
如今发达国家所钟爱的就是所谓“绿色贸易壁垒”。绿色壁垒从本质上说应该是技术性壁垒的一种，但因其主要以保护环境和人类健康为借口，比其他技术性壁垒措施更具隐蔽性。
比如，假借保护环境及人类、动植物的卫生与安全健康之名，对商品中的有害物含量制定较高的指标，从而限制商品的进口；在保护环境的名义下，通过立法手段，制定严格的、发展中国家很难达到的强制性技术标准，限制商品进口；要求进口产品必须获得“绿色环境标志”，以便于对进口商品严格控制；海关进行“绿色卫生检疫制度”，使进口商品难以入关或在入关时花费大量时间和金钱；要求“绿色包装”，提高进口商品的成本，尤其是生态标签问题，将会成为发展中国家的一个重要的而难以逾越的“绿色壁垒”。
发达国家凭借其经济和技术的垄断优势，通过立法或其他非强制性手段制定了许多苛刻的环境技术标准和法规，限制扭曲了国际贸易的健康发展，违背了WTO／TBT协议的宗旨。如从2002年1月起，韩国强化了对水产品的金属检测标准，欧盟对其认为污染水（海）域的水产品完全禁运。发达国家通过绿色技术标准的设置使我国出口产品成本大为增加，削弱了该类产品国际竞争力。
我国外贸企业为了获得国外“绿色通行证”，一方面要花费大量的检验、测试、评估、购买仪器设备等费用，另外还要支付不菲的认证申请费和标志使用费。在成本及反补贴措施的影响下，一些发达国家通过对我国出口货物征收绿色关税，使这些产品在激烈的国际竞争中丧失价格优势，制约我国外向型水产业的发展。
3、“数字壁垒”
“数字壁垒”又叫信息技术壁垒，是指与贸易有关的信息的表述不衔接、不接轨，不符合进口国的要求，造成贸易的障碍。贸易双方在信息技术上的不对称，如进口方采取网上通告、网上订购、网上支付、网上交易等，而出口方做不到。
其措施主要包括无纸张贸易（EDI）、条形码、商品的标识、标签制度、计量单位制、电子商务（B2B）、电子政务等。以电子商务为例，许多发达国家都明确进入电子商务的时间表，许多行业也列出了时间表。许多国家都力图在电子商务中抢占市场先机，然而，与其它大多数行业相比，水产行业更需要电子商务，因其主要原料和产品多为鲜活品，商业活动中要求库存快速周转，即时经销、即时服务。
水产业以电子商务的形式不断加强国际贸易和普及应用应该是一个必然的趋势。但目前国内的多数水产网站处在起步阶段，许多网站功能还不算完善，尤其是在网络的运用上，中小企业基本处于应付型，政府或客商有要求才去做，对于国外客商在网上发布的信息却不知，在线交易不会操作，由于网络普及的差距形成了“壁垒”。
4、“装备壁垒”
“装备壁垒”主要是指在质检的技术和设备以及基础研究上。出口水产品质量不高，药物残留超标和反倾销等问题，已经成为制约我国扩大水产品出口的重要因素。
这些问题主要出在质检部门上，一是责任心，二是技术装备。解决责任心问题主要是提高检验人员素质，坚决把好出境关，加强检验，对于不符合要求的产品，一律不准出口。采取更加有效措施，促进提高出口商品质量，积极支持扩大水产品出口。同时认真研究努力打破和跨越国外技术壁垒。但在技术和装备上是单独一个企业和单位所难以解决的，它从一个层面体现着国家的综合实力，技术手段和技术基础工作对质检部门的工作质量有直接影响。
我国质检部门现有的技术状况、能力与国民经济发展要求和一些发达国家的检测水平相比，还有比较大的差距，突出表现在国外许多能够检测的项目、内容、数量等指标，如美国、加拿大和欧盟对虾和小龙虾中氯霉素含量能测试到0.3PPB，即百亿分之三，而我们现在还做不到。因而，由于我们的检测手段、方法跟不上，缺少相应设备，达不到国外的要求，限制了出口，影响了企业发展。
