臭豆腐闻起来臭、吃起来香，有些人对它敬而远之，有些人则将吃它当成了一种嗜好。特别是在冬季，有些人认为气温低，臭豆腐不会发生霉变。对此，市卫生监督所提醒市民，臭豆腐属于发酵豆制品，制作过程中会产生一定的腐败物质，且容易受到细菌污染，从健康角度考虑，还是少吃为好。
据市卫生监督所顾聪科长介绍，豆制品在发酵过程中，会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢，它们具有一股特殊的臭味和很强的挥发性，多吃对健康并无益处。此外，胺类物质存放时间长了，还可能与亚硝酸盐作用生成强致癌物亚硝胺。臭豆腐虽小，但制作流程却比较复杂，必须经过油炸、加卤和发酵等几道程序。在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，而且对温度和湿度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到其他细菌的污染，轻者会引起人体胃肠道疾病，重者还会导致肉毒杆菌大量繁殖，产生一种有毒物质———肉毒毒素。这是一种嗜神经毒素，毒力极强，近年来发生的臭豆腐中毒事件，多是由这种毒素引起的。
正是由于臭豆腐的制作流程复杂，有些人想出了一些“简单”的方法，用化学手段做出臭豆腐。如用硫酸亚铁将豆腐染成黑色，再加上其他的臭味物质，即可成为臭豆腐。而在我国的《食品卫生法》中，是严格禁止使用化工原料硫酸亚铁作为着色用的食品添加剂的。虽然臭豆腐在制作过程中能合成大量维生素B12（人体缺乏维生素B12,会加速大脑老化，容易引起老年性痴呆），不过，维生素B12在肉、蛋、奶、鱼、虾等很多动物性食物中都存在。如果真对臭豆腐难以割舍，建议大家吃时最好多吃新鲜的蔬菜和水果，它们含有的维生素C可阻断亚硝胺生成。
