首先，对于保健品单独列出进行管理的依据就是莫名其妙的。保健品到底是什么？是不是有保健功能的食品呢？还是对人体疾病有疗效的食品呢？如果是前者，那么我们甚至可以认为所有食品都可以列入保健食品行列，哪怕是大米、馒头、窝窝头，青菜、萝卜，它们都各自含有对人体保健有效的成分，可能比某些所谓的保健品对人体的好处还有大一些。哪一天要是有人申请一个大白菜的保健品，不知管理机构该如何处理。如果是后者，那么就应该列入药品进行管理，严格的进行临床试验。所谓的保健品，让患者无所适从。
其次，保健品审批制的出现让某些骗子有了可乘之机。这些年保健品市场的混乱状况是众所周知的，多少骗子混迹其中可能谁也说不清。在保健食品有了健字号批文之后，这些食品就有了一层神秘的面纱，骗子们有了合法的外衣，他们的欺骗和吹嘘都有了光鲜的外表和可信依据。而对于普通消费者而言，要辨别保健品的实际功能和广告吹捧、辨别国家的健字号和药准字号之间的差异，实在是十分困难的事。而如果没有保健品的审批管理，也就不会产生健字号的批文，自然也就不会有所谓的保健品出现了。骗子们要想骗过大家，那可是要下一番工夫的。
第三，保健品审批制的出现使得行政权力有了更大的可寻租性。因为保健品的检测和审批过程不可能如药品那样严格，政府部门在批准的过程中的弹性很大。而一旦获得了批号这些食品就可以身价百倍，那么厂商们当然会不遗余力的努力获得批号。获得批号之后，厂商们在广告中也会不断地打擦边球甚至夸大功能，只要谋求到了监管部门的默许就可以，毕竟这些食品谁吃也不会有什么大毛病，监管部门对于这些食品的监督管理也就有了很大的空间，也就在监管部门睁一只眼闭一支眼的时候，众多的虚假广告铺天盖地的涌向市场。
即使是在美国这样对于食品药品监督极其严格的国家，对于营养食品也仅仅是采用备案制，对于营养品的市场准入条件十分宽松。但是美国对于厂商的违法行为制裁是十分严厉的，营养食品绝对不敢宣传治疗疾病的效果，而如果出现广告欺骗或者食品质量很可能厂家就面临灭顶之灾。而对于保健食品进一步提高门槛，不仅有进一步混淆食品和药品界限的趋势，而且一些不法厂商更有可能利用政府监管审批的权威性，夸大其产品功效，欺骗消费者。
因此，我国要规范整顿保健品市场，必须改变重审批轻监管的模式。正确的途径不应该是提高进入门槛，而应该是加强对于食品广告的监管和执法，消除保健品的药品化推广和销售模式，还保健食品的本来面目。
