乌鲁木齐市药品监督管理局成立于2001年11月22日，食品综合监管职能到位后，2006年8月23日改为乌鲁木齐市食品药品监督管理局。2010年底，食品药品体制机制调整，该局由自治区食品药品监督管理局直接垂管调整为乌鲁木齐市政府直管工作部门，规格正处级，负责本行政区域内的食品药品监督工作。
乌鲁木齐市食品药品监督管理局主要职责如下:
（一）贯彻执行国家、自治区餐饮服务食品安全、药品、医疗器械、保健食品、化妆品监督管理的法律法规，参与起草相关地方性法规和规章草案，并组织实施。
（二）负责餐饮服务许可和食品安全监督管理。
（三）监督实施餐饮服务食品安全管理规范，开展餐饮服务食品安全状况调查和监测工作。
（四）负责保健食品监督管理工作；负责化妆品经营许可和监督管理工作，监督实施化妆品卫生标准和技术规范。
（五）负责药品、医疗器械的行政监督和技术监督；监督实施药品和医疗器械研制、生产、流通、使用方面的质量管理规范。
（六）负责药品、医疗器械注册的相关工作和监督管理，监督实施国家药品、医疗器械标准；组织开展药品不良反应、医疗器械不良事件监测；配合有关部门实施国家基本药物制度，组织实施处方药和非处方药分类管理制度。
（七）监督实施中药材生产质量管理规范，中药饮片炮制规范；监督实施地方习用药材质量标准及饮片炮制规范；组织实施中药品种保护制度。
（八）监督管理药品、医疗器械质量安全，监督管理放射性药品、麻醉药品、毒性药品、精神药品和药品类易制毒化学品。
（九）负责药品零售企业经营许可工作；负责医疗器械生产企业、医疗器械经营企业和医疗机构制剂的初审工作。
（十）组织查处餐饮服务食品安全和药品、医疗器械、保健食品、化妆品等研制、生产、流通、使用方面的违法违规行为。
