我国的食品标识制度是由《食品安全法》《食品标识管理规定》《农业转基因生物安全管理条例》《农业转基因生物标识管理办法》等一系列相关法律、法规构成的法律体系，甚至《反不正当竞争法》中关于不正当商业宣传的规定也对食品标识起到规范作用。
我国2017年新修订的《反不正当竞争法》第八条规定：“经营者不得对其商品的性能、功能、质量、销售状况、用户评价、曾获荣誉等作虚假或者引人误解的商业宣传，欺骗、误导消费者。”例如，如果某种食品根本不存在转基因的可能性，或者说任何一个品牌的该种食品都不是转基因产品，但是，某一家经营者在其产品上专门以“否定式”的商品标识方式标注出“非转基因食品”，尽管标注的是客观事实，但是因为所有的该类食品都不含转基因成分，其特意进行的否定式标识还是会造成误导消费者或者引人误解的后果，从而可能构成《反不正当竞争法》禁止的不正当商业宣传行为。
食品标识制度主要是为了保障消费者的知情权与选择权，但这一制度还有待于进一步完善。例如，以转基因食品标识为例，我国已经形成了一套颇为严格地按目录、定性强制转基因食品标识的制度。食品安全法第101条规定转基因食品的安全管理除了要适用本法对于食品包装和标识的一般规定外，还要遵守其他行政法规的特别规定，但制度制定的科学性仍有需要完善之处，如转基因食品定义有待于进一步明确、标识的方式和内容仍不规范、《转基因标识目录》有待完善等。
食品标识制度也应关注消费者权益保护与经营者合法权益保护之间的平衡协调。例如，需要在我国构建的转基因食品标识豁免制度，就是从社会整体利益出发对生产者言论自由权与消费者知情权之间的再次平衡，以便在保护消费者知情权的同时，也能兼顾到生产者的合法权益。从学理和我国社会经济生活的实践出发，我国转基因食品标识的豁免范围可以规定为：⑴转基因成分含量低于标识阀值的转基因食品；⑵使用转基因疫苗的动物及其产品；⑶转基因微生物为媒介制造的食品；⑷添加转基因食品添加剂的食品等。
食品标识制度实施的有效性问题非常重要。法律的实施包括守法、执法以及司法，我国食品标识制度在守法、执法、司法领域还有待于进一步加强。例如，以执法工作为例，目前我国仍存在政出多门、多个部门执法，影响执法效率的问题。
