日本是粮食进口大国，每年进口大量来自转基因作物的食品。但由于日本消费者对转基因食品还存在诸多顾虑，日本政府要求对转基因食品进行严格的安全检查，并进行一定程度的标识。
日本早稻田大学教授濑川至朗日前对记者说，日本没有批准在本国进行转基因作物商业种植，但市场上有大量经食品安全委员会审查后允许进口的转基因食品，包括8种土豆、12种大豆、181种玉米等。《朝日新闻》曾推测，日本进口的约3000万吨谷物中，约有1700万吨来自转基因作物。
根据日本法规，市场上的转基因食品有标识义务，但实际上怎么标识是有学问的。如果食品中转基因成分含量不到全部原材料的5%，或构成比例在原材料第三位以下，就可以不标识。而且，食用油、酱油等无法检测出转基因作物DNA的食品，也可以不标识。
结果就是，日本市场销售的含转基因成分食品远多于标识“转基因”的，消费者在购买时认为不含转基因成分的食品，很难保证100%不含转基因成分。濑川至朗指出，日本人摄取转基因食品的可能性很高。
不过，许多日本消费者对转基因食品还是感到不安。日中创职协会久永事务所代表泽田笃志说，日本人对转基因食品是否安全经常持“说不清”的态度，尽管没有确切证据证明转基因食品有害，但是许多消费者还是“宁可信其有”。
为什么日本政府允许大量进口转基因食品？由在日华侨创办的中国通讯社营业部长姜德春认为，日本的粮食自给率不足50%，如果完全排斥转基因作物，很可能无法进口到足够的谷物。日本现在的政策实际就是不禁止转基因食品在国内流通。
然而，日本也出台了一系列严格管理转基因食品的制度。首先，所有进口的转基因农产品都必须先获得批准，由食品安全委员会负责审查。如果企业进口非安全名单上的食品，就会受到处罚。此外，相关产品还必须符合国际《卡塔赫纳议定书》中关于进口转基因动植物的规定。
在加工转基因食品时，也需要遵循日本农林水产省的质量标准。农林水产省的调查机构会用DNA鉴定技术对相关产品进行检查，如果其中的转基因成分含量较高而违反了标识规定，可依据相关法规进行罚款。
