内蒙古自治区水产品质量检测中心有两台检测仪器加入内蒙古自治区科学仪器协作共用网，分别为全自动细菌分析仪和气相色谱质谱联用仪。全自动细菌分析仪系美国分子设备公司产品，是当代先进的细菌类检测仪器，于2004年购入并启用，于2006年加入内蒙古自治区大型仪器协作网；气相色谱质谱联用仪系美国热电公司生产的新一代高性能色谱分析仪器，于2004年购入并启用，于2008年3月加入内蒙古自治区大型仪器协作网。
根据科学仪器资源共享、优势互补、提高科学仪器利用率、完善科学仪器社会化服务的宗旨，内蒙古自治区水产品质量检测中心依托内蒙古自治区科学仪器协作共用网积极向单位内外、自治区内外的科研、教育、生产工作提供优良服务，并始终保证仪器良好运行。入网以来，利用这两台检测仪器共完成各类检测样品任务3361个批次，占用机时数1447.17小时（不包括前处理用时），收入159.13万元，其中为单位内部科研项目、水产技术推广及鱼类病害监测所做的各种检测样品任务245个批次，占用机时数58.83h，收入9.80万元；承担外部委托分析检测样品任务3116个批次，占用机时数1388.34小时，收入149.33万元。由此可以看出，内部检测样品任务的数量、占用机时、效益情况仅占7.29%、4.07%和6.16%，而外部检测检疫样品任务的数量、占用机时、效益情况则占到92.71%、95.93%和93.84%，外部任务的数量、占用机时数和收入均远高于内部任务。在检测种类方面也由鱼苗种、成鱼、养殖水域环境、水产品、水质，扩展到农产品、土壤、鲜乳和乳制品等，渔业及渔业产品的检测样品任务数量为577个批次，占用机时数251.17小时，收入23.13万元，而非渔检测样品任务数量为2784个批次，占用机时数1196小时，收入136万元，由此可以看出，非渔检测样品的数量、占用机时数和收入均远高于渔业及渔业产品检测样品任务，因此，加入内蒙古大型仪器设备网后有效地拓展了任务量和任务来源，提高了入网仪器的利用率。此外，还经常利用这两台仪器无偿在全区范围内为渔场、养殖户进行养殖水域环境监测、养殖鱼类鱼病病病原监测工作，为有效预防和控制鱼病蔓延提供防控依据，也为仪器的使用开拓潜在市场。这两台入网仪器在水产科学研究和人才培训等方面也发挥了很大作用，全区许多盟市、县级检疫检测人员在这里参加过培训。
近年来，随着内蒙古自治区水产养殖面积不断扩大，中小水面开发力度逐年加大，水产品流通愈加频繁，水生生物病害传播呈愈演愈烈趋势，对内蒙古自治区渔业经济发展已具有了现实的和潜在的威胁。内蒙古自治区水产品质量检测中心利用这二台入网仪器进行的水产养殖动物及其产品病原检测、渔业环境监测、无公害水产品检测工作，对防范内蒙古自治区渔业疫病发生、促进渔业生产健康发展、保障人民群众食品安全起到了重要作用，也较大幅度提高了仪器的利用率。
