种子带病菌现象越来越严重，黄瓜种子上常见的病菌有枯萎病、炭疽病、立枯病、角斑病等病原菌，因此在催芽前应该先对黄瓜种子进行表面消毒。主要方法有以下三种。
①温汤浸种法：将干种子投入55℃～60℃温水中不断搅拌，处理约10分钟，待水温降到28～30℃，浸种4～6小时，淘洗干净后进行催芽。
②药剂消毒法：用0.1％的多菌灵盐酸液浸种1小时，清水冲洗后，再用清水浸种4小时，即可浸种催芽。
③种膜剂处理法：有些黄瓜种子在出售时已经由制种单位用含杀菌剂和多种微量元素的种膜进行了处理，用种膜剂处理有良好的杀菌效果。经处理的种子可直接浸种催芽，也可直播。
种子经消毒处理后，捞出清洗一遍，去水甩干，用布包好，置于27～30℃下催芽，催芽过程中要常翻动种子，使种子受温均匀，经24小时左右便开始出芽，种子露出根尖时，温度可适当降低，维持22～26℃，经两天左右可以出齐。如在发芽后恰遇阴天不能播种，则可用湿毛巾将种子包好放在冷凉处10℃左右，抑制幼芽继续生长，这种做法叫“蹲芽”。
