临床应用
1．用于风湿痹痛、筋脉拘挛、脚气肿痛。木瓜有较好的舒筋活络作用，且能化湿，为治风湿痹痛所常用，筋脉拘挛者尤为要药。如木瓜煎，治筋急项强，不可转侧，即以本品配乳香、没香、生地。治脚气肿痛，冲心烦闷，常与吴茱萸、槟榔等配伍。
2．用于吐泻转筋。木瓜治此症，一则使湿浊得化，中焦调和；二则舒筋活络，使吐利过多而致的足腓挛急得以缓解。如蚕矢汤治疗此症，即以本品与薏苡仁、蚕沙、黄连、吴茱萸等同用。此外，本品尚有消食作用，可用于消化不良证。
药理作用
1．对肝脏的作用 木瓜冲剂能减轻大鼠皮下注射四氯化碳引起的肝细胞脂变及肝细胞坏死，防止肝细胞肿胀和气球样变，能促进肝细胞的修复，使SGPT显著降低。
2．抗菌作用 实验表明：木瓜有较强的抗菌作用，对多种肠道菌和葡萄球菌有显著抑制作用，对肺炎双球菌和结核杆菌亦有明显抑制作用。木瓜酸（1:4浓度）对恙虫病立克次体有抑制作用，用木瓜治疗感染恙虫病立克次体的小鼠，可降低其死亡率40～60%，但以早期治疗效果较好。木瓜1g（生药）与氯霉素10mg的疗效相同。
3．其他作用 应用细胞培养和小鼠腹腔巨噬细胞吞噬功能观察测定方法，研究木瓜对体外培养二倍体细胞形态、生长速度及小鼠腹腔巨噬细胞吞噬率与吞噬指数的变化，结果提示木瓜能减缓细胞的生长，降低巨噬细胞的吞噬作用。木瓜水煎液、醇提取液、结晶溶液（2.5%）对小鼠艾氏腹水癌有较强的抑制作用。其抗癌的有效成分为有机酸。
4、毒性 用体重18～25g小鼠25只，每1ml含0.5g生药的木瓜注射液进行尾静脉注射，每次0.2ml，分别以3h、8h、20h进行毒性试验，结果均未见动物死亡。
5、木瓜中含有大量的水分、碳水化合物、蛋白质、脂肪以及多种维生素和人体必需的氨基酸，可以有效的补充人体的养分，增强机体的抗病能力。
6、番木瓜碱具有缓解痉挛疼痛的作用，对于腓肠肌痉挛具有明显的治疗作用。
7、番木瓜碱和木瓜蛋白酶具有抗结核杆菌及寄生虫如绦虫、蛔虫、鞭虫、阿米巴原虫等作用，故可用于杀虫抗痨。
