(一)贮藏条件
芹菜叶可耐-3℃的低温，但根茎部一般要求不低于0℃，贮藏的适宜温度为-0.5～2℃，相对空气湿度85％～ 95％。冷库贮藏芹菜时，为了提高环境的湿度常利用开口的塑料袋包装芹菜(为了避免气体伤害，敞开袋口的一种做法)或将芹菜置于用开孔塑料膜衬垫的木箱中，这样做可以减少芹菜的水分损失。据报道，芹菜的适宜贮藏条件为氧气浓度3％，二氧化碳浓度5％。
(二)贮藏方法
1．冻藏
冻藏方法简便，但一定要掌握好使温度不低于-3℃。各地因气候、寒冷程度不同，所采取的方法也不尽相同。山东潍坊一带是在荫障北侧修建地上冻藏窖，窖的四周是用夹板垫土打夯而成的墙，厚50～70厘米；高 1米。打墙时在南墙的中心每隔70～100厘米立一根约10厘米的粗木棍，墙打成后，拔出木棍使其成为一排通风筒；然后在每个通风筒的底部挖深、宽各30厘米的通风沟，穿过北墙在地面开口，这样使每个通风筒、通风沟和进风口相连成一个通风系统。在通风沟上铺两层秫秸、一层细土。芹菜捆成5～l0千克的小捆，根向下斜放入窖内。装满后在芹菜上盖一层细土，菜叶呈似露非露状态。以后随外界温度的下降分期加盖覆土，覆土总厚度。以不超过20厘米为宜。当外界气温在-10℃以上时，可开放全部通风系统，-10℃以下时要堵死北墙外的进风口，保持窖温在-2～-1℃。
芹菜的解冻方法与菠菜一样，可将芹菜置于0～2℃的环境下缓慢解冻使之恢复新鲜状态；也可在出窖前5～6天拔去南墙的荫障改设为北墙风障，再在窖面上盖塑料薄膜，将覆土每解冻一层铲去一层，留最后一层薄土使窖内芹菜缓慢解冻。
2．假植贮藏
在芹菜充分长成之后连根挖起，假植在窖或沟中。太原、北京、天津和辽宁等地多采用此法。一般假植沟宽约1.5米，长度根据贮量而定，沟深依当地气候条件而定。北京多采用半地下式，一般沟深在1米左右[原则上为假植后菜的最上部(顶部)与覆盖物之间应留有0.5米的距离作为缓冲空间]，2/3在地下，1/3在地上，地上部用土打围墙；黑龙江则采用地下式，沟深在1.5米以上。将芹菜带土连根铲下，摘除不良品等，捆成1～2千克 的菜捆假植于沟内，捆与捆之间应留有空间以利于通风散热等；或将菜一棵一棵地摆在沟中；或单株、双株一一栽在土中。以上三种方法中，单双株栽植法贮藏期最长；捆捆方法贮量最大，但由于菜捆中心散热不良，易黄化腐烂，贮期较短；单株摆放的贮藏效果介于以上两者之间。为便于沟内通风散热和防止芹菜倒伏，每隔1米左右，在芹菜间横架一束秫秸把。假植后的芹菜应立即灌水，灌水量以淹没根部为准。以后视土壤于湿情况可再灌水1～2次。芹菜人沟后用草席覆盖或在沟顶棚盖、覆土，并酌留通风口。以后随着外界气温的下降分期加盖覆土，堵塞风口。保证贮藏期间沟温在0℃左右，防止冻害及环境温度过高。
3．塑料薄膜包装贮藏
将10～15千克带短根的芹菜装入厚0.08毫米、长1米、宽0.75米的聚乙烯塑料袋中，扎紧口，分层摆在冷库的菜架上，库温控制在0～2℃。当袋内氧气浓度降到5％时打开袋口通风换气，继续贮藏时可再扎紧袋口。长期贮藏时可松扎袋口，或扎口时先插一直径15～20毫米的圆棒，扎后拔除圆棒使扎口处留有空隙。采用此法可将芹菜从10月贮藏到翌年春节，且商品率高达85％以上。
