育苗基质就是俗称的营养土。无论是种植蔬菜还是花卉苗木，育苗基质都是生产高质量产品的关键因素，其根本作用就是取代土壤，但是，其营养物质要比土壤丰富得多，通透性更好，适应幼苗生长发育的生理需求。这样植株幼苗才能更好的适应环境，快速生长。在选配育苗基质或自制营养土时，应遵从以下几个标准：
1.从生态环境角度考虑。要求育苗基质基本上不含活的病菌、虫卵，不含或尽量少含有害物质，以防其随苗移栽时进入生长田，污染环境与食物链。为了符合这个标准，在自制基质营养土时可以加入发酵剂对所选的原材料进行快速发酵，以达到杀菌杀毒、去除虫卵的目的。
2.育苗基质应与移栽土壤环境相似。从营养条件和生长环境方面来讲，育苗基质比土壤更有利于植株生长。但它仍然需要有土壤的其他功能，如利于根系缠绕和较好的保水性等。
3.育苗基质以配制有机、无机复合肥基质为好。在利用发酵剂对原材料进行发酵时，应将有机基质和无机基质按照不同育苗品种的要求，科学组配，调节好育苗基质的通气、水分、温度和营养状况。
4.尽量选择使用当地资源丰富、价格低廉的轻基质。在应用穴盘育苗技术时，如何选择育苗基质或发酵原材料是关系到育苗成本和育苗质量的首要问题。通常情况下应充分挖掘和利用当地便利条件，选择适合穴盘育苗的轻基质资源，降低育苗基质的成本投入，从而降低穴盘苗的销售价格，提高其市场竞争力。根据各地实际情况，一般选用炭化稻壳、棉籽壳、麦壳、锯末、蛭石、珍珠岩等价格低廉基质作穴盘育苗基质。
