春季小麦返青后，随着气温回升，纹枯病病情开始发展；进入拔节期后病情迅速横向、纵向扩展，形成发病高峰期。抓住小麦拔节初期，病害纵向侵染前喷药，是防治小麦纹枯病的关键环节，可以阻止病害侵入茎秆，有效控制危害。如果未能及时在早春进行防治，可能导致小麦成熟期白穗很多，严重影响产量。据省植保站发布的2011年江苏省农作物主要病虫害发生趋势预报，由于田间菌源充足，秋播用种量大，群体密度高，有利于小麦纹枯病冬前侵染和春后扩展危害，预计2011年沿淮、淮北地区发生程度达4级，其他地区3级，发生程度略重于2010年，发生面积2300万亩，比2010年略增。因此，需要加强对小麦纹枯病的防治。
防治小麦纹枯病，应掌握在小麦返青至拔节初期（2月底至3月中上旬），对病株率达20%的田块喷第一次药，以后根据病情决定是否再用药防治。适用药剂有井冈霉素、已唑醇、戊唑醇、苯甲·丙环唑等。注意用足药量和水量粗喷雾，每亩用水量在50公斤以上，将药物送到小麦基部发病部位及根部土壤，以提高防治效果。如推迟用药，用加大药液量，每亩用药液100公斤，重病田隔10～15天再喷1次药。在一定范围内药液量宜大不宜小。
已唑醇、丙环唑、戊唑醇、烯唑醇等唑类杀菌剂对小麦纹枯病有良好防效，并且持效期长。但唑类杀菌剂对作物生长有一定的抑制作用，使用不当可能造成不良影响，应严格按照产品使用说明用药，不超量或频繁施药，以免对小麦生长造成不良影响。春季小麦生长旺盛期正常使用这些农药对小麦生产产生的不良影响小。
