饲料中为何会出现黄曲霉素超标，目前还有待检验结果说明。不过东方早报2011年的一则报道援引安徽滁州南谯区当时最大的奶牛养殖户负责人张顺利的话称，凡是奶牛养殖行业的人，对“牛奶黄曲霉素超标”的危害和成因都非常清楚。与养殖户添加三聚氰胺意在提高原奶的蛋白含量不一样的是，牛奶中若是“黄曲霉素超标”是奶牛养殖链条上任何利益方均不愿看到的，而且也无经济上谋利的冲动。
张顺利认为，之所以原奶中被检出黄曲霉素超标，奶牛吃了发生霉变的饲料是最大的可能原因。“如果饲养人员发现后，马上把霉变的饲料停掉，隔两天，(奶牛产下的原奶)就没事了。”
另一则发表于《中国畜牧业》杂志(2011年第16期)题为《牛奶中黄曲霉素超标的防治技术》的文章分析了安徽滁州“生鲜乳黄曲霉素超标”案例，并认定，生鲜乳黄曲霉素M1超标主要原因有6种，分别为:奶站与牧场环境卫生较差;鲜乳贮藏罐靠紧牛舍，周围湿度过大，极易引起微生物滋生;消毒不严，只有一台10升的220伏电热水器，很难保证170多头奶牛的挤奶消毒用热水;饲草中有部分稻草、花生秧用鼻闻有霉味，青贮料有霉变，存在大量的有害微生物;部分养殖户使用的精饲料为自配料，其豆粕与玉米粉水分较大，易变质。
质检失误或致问题奶流入市场
按照《生鲜牛乳收购标准》，“抗生素残留”和黄曲霉素M1都是必备检测项目，《企业生产乳制品许可条件审查细则(2010版)》也规定，乳制品生产企业需要检测项共有37项，其中黄曲霉素M1也是明确要求为“必检项”。
宋元忠告诉澎湃新闻，根据国家规定，奶厂收购牛奶时要对黄曲霉素进行强制检验。不合格的牛奶都会被销毁，不会流通到市场上。
但是，如果质检出现漏洞或失误，问题原奶还是有被加工出售的可能。
据新京报2011年12月27日报道，国家质监总局2011年12月24日公布全国液体乳产品抽检结果公告，显示蒙牛乳业(眉山)有限公司生产的一批次产品被检出黄曲霉毒素M1超标140%。
蒙牛集团相关负责人随后表示，造成产品不合格的原因，是当地奶牛饲料因天气潮湿发生霉变，奶牛在食用这些饲料后，原奶中的黄曲霉毒素超标。
该负责人称，由于眉山工厂原奶质检员在前期的原奶检验上出现失误，导致这一批次原奶中超标的黄曲霉毒素未能检出。“黄曲霉毒素超标的发生是小概率事件，这次确实是在最初原奶质检上的疏忽导致了问题的发生。”
对此，广州市奶业协会理事长王丁棉2011年曾接受东方早报采访表示，“毕竟那么多牧场，那么多奶牛要吃饲料，肯定会发生黄曲霉毒素M1超标的事情。但这个是可控的。”
王丁棉称，如果检测出奶里黄曲霉素超标，一般的处理措施是直接销毁， “因为理论上虽然可以通过长时间的高温加热来处理，但一来成本高，二来这么处理，营养就都没了，所以并不现实”。
