欧盟现在对转基因食品严格管理，重要原因是存在以法国为代表的“反对转基因”力量，但英国政府却一直呼吁支持转基因的发展。与官方态度有分歧不同，两国民众都比较怀疑转基因，而科学界主流都表示支持。
欧盟对转基因的态度比较保守，在出台了一系列严格规定后，自2003年7月起允许转基因产品在保证可追溯性的前提下在欧盟市场上出售，相关产品必须从始至终在标签上标出“基因改良”或“加工自某种转基因作物”的字样，食品和动物饲料任意成分中转基因含量低于0.9%时则可以不加标志。
法国是重要的反对力量。虽然欧盟批准了美国孟山都公司MON810转基因玉米的种植，但法国国内拉锯战不断。2008年，法国政府声称这种玉米对“动植物存在不利影响”，暂停了它在国内的种植，三年后，法国最高行政法院判决这项禁令无效；2012年3月，法国农业部等机构再次声明暂时停止这种转基因玉米的种植，今年8月，法国最高行政法院再度判决这项禁令无效。法国农业部长斯特凡纳。勒福尔在接受媒体采访时表示，不管最高行政法院的决定如何，法国政府保持一贯立场，即不支持转基因作物。
英国政府则一直持支持态度。早在上世纪90年代，时任首相布莱尔公开表示自己就吃转基因食品。英国环境、食品与农村事务部现任大臣欧文。佩特森在今年10月中旬还言辞激烈地批评了一些反对转基因的组织，说关于转基因食品会引发“特殊健康风险”的指控没有任何科学依据，“全球有1700万农民种植着1.7亿公顷转基因作物，我从未听说一例与此相关的健康问题”。目前欧盟国家转基因农作物的种植面积只占全球的0.1%，佩特森认为这种落后值得忧虑，表示英国应主导支持转基因作物的发展。
在双方博弈下，目前还是有40余种转基因作物获准进口到欧盟销售，品种涵盖玉米、棉花、大豆、油菜、土豆和甜菜等。法国绿色和平组织表示，由于该国消费者对转基因产品的抵触情绪，法国超市货架上只有30多种转基因食品，主要是进口食品，包括大豆油、爆米花、棉花糖等。
民众对转基因食品的疑虑在两国都较大。法国民意调查机构Ifop2012年进行的调查显示，79%的受调查者对转基因产品表示担心；英国也有调查显示，约八成民众仍不愿接受转基因食品。还有一些激进的反对转基因人士和组织，屡屡冲击和干扰用于研究的转基因作物试验田。
不过两国科学界的主流都对转基因食品表示支持。虽然都曾出现一些研究人员的质疑，但随后都被本国科学界权威机构“辟谣”。例如上世纪末苏格兰研究人员阿帕德。普斯陶伊称，喂食转基因土豆的幼鼠会出现肾脏损伤、免疫系统受损等现象，但英国皇家学会对这一研究的评估结论是研究过程漏洞百出、判断并不科学。法国卡昂大学研究人员塞拉里尼2012年称转基因玉米导致实验鼠减寿，但法国生物技术最高委员会和国家卫生安全署认为这项研究存在诸多不足，法国农业部也承认塞拉里尼的论述不能推翻对该转基因玉米的“无害”评估。
对于学界共识与公众态度之间的这种差异，英国皇家学会副会长安东尼。奇塔姆在接受新华社记者采访时指出，公众对某些研究结论的不理解是一种普遍现象，在各个国家、各个时期都会有，在转基因之外，在核能安全性、页岩气开采等问题上都有这种情况。科学界对此应继续加强研究，得出更令人信服的结论。
