从“三鹿奶粉”案引起的食品药品监管体制的回归、改革和地方政府统一负责、领导、组织、协调食品安全责任的加强，可以看出，尽管食品药品监督管理机构实行省级以下垂直管理体制以来，在打破地方保护、建立统一市场、加强执法队伍建设、规范行政行为等方面起到了积极作用，但总体上与地方各级政府在食品药品安全监管方面负总责的要求是不相适应的。实际上，食品药品安全本来就是地方政府的重大职能和责任，与地方政府关系十分密切。正是这样，基于进一步强化和落实地方各级政府食品药品安全监督管理的责任，严格市场监管，确保食品药品安全，保障人民群众生命健康的考虑，国务院适时决定将食品药品监管机构由省级以下垂直管理改为由地方政府分级管理、业务接受上级主管部门和同级卫生部门的组织指导和监督。
根据2009年2月28日十一届全国人大常委会第七次会议通过的《食品安全法》，县级以上地方政府统一负责、领导、组织、协调本行政区域的食品安全监督管理工作；县级以上地方政府依法确定本级卫生行政、农业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门的食品安全监督管理职责；有关部门在各自职责范围内负责本行政区域的食品安全监督管理工作；上级政府所属部门在下级行政区域设置的机构应当在所在地政府的统一组织、协调下，依法做好食品安全监督管理工作。同时要求，县级以上卫生行政、农业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门应加强沟通、密切配合，按照各自职责分工，依法行使职权，承担责任。
二、依法规范垂直管理机构与地方政府关系
垂直管理体制一定程度上解决了中央或上级政府与地方政府的职能分配和事务管辖的问题，但“条块”矛盾也随着垂直管理机构的增加而增多，因此，十七大报告提出要“规范垂直管理部门和地方政府的关系”。
一般来说，凡事务的领导或管理、实施涉及全国或数省、自治区、直辖市者，应由中央政府机构及其派出机构负责；凡事务的管理或实施仅涉及某一行政区域的，则应归该行政区域内的地方政府负责。这一类事务的职权划分主要以事务占有的空间为依据，如根据《水法》第十二条，国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制：国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构，在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源监管职责；县级以上地方政府水行政主管部门按照规定的权限，负责本行政区域内水资源的统一监管工作。
其次，对上级主管部门管辖更经济、更便利的事务，应由中央或上级主管部门管理；属于面向本行政区域的地方性事务，或对当事人更便利，由地方政府属地管理为主；属于中央或上级与地方政府共同管理的事务，要区别不同情况，明确各自的管理范围，分清主次责任，并建立健全协调配合关系。
另外，对应当由中央政府管辖的事务，从便利管理的原则出发，既可以设派出机构或分支机构管理，也可以依法授权地方政府的相应部门管理，如反垄断执法工作由国务院规定的反垄断执法机构(国家发改委、商务部、工商总局)负责，根据工作需要，国务院反垄断执法机构可授权省、自治区、直辖市政府相应的机构，依法负责有关反垄断执法工作。
垂直管理机构与地方政府的关系，本质上是政府间职责权限的关系。而依法规范垂直管理机构与地方政府的职权关系，关键要看管辖的事务的性质。是否进行垂直管理，最重要的是取决于事务本身是属于中央或上级政府的职责，抑或地方政府的职责，而非其他因素。
为了提高管理科学化、法治化的水平，要按照精简、统一、效能的原则，结合实际需要和具体情况，特别是按照合理配置行政职能的要求，从体制上重新理顺上下级政府之间的职责关系，并据此确定是设置分支机构或派出机构管理，还是由地方政府部门依法或依授权进行管理；其次，在目前中央和地方事务尚难分清的情况下，实行垂直管理要进行科学论证，逐步推进，要防止把不该垂直管理的机构简单地、不适当地垂直管理；对应当属于地方管理的事项，应整合管理职能，落实地方责任，完善体制机制，提高监管水平；第三，要在目前“三定规定”基础上，逐步过渡到通过法律、法规来规范各级政府及其部门之间的关系。
