益生菌在电视广告中随处可见，尤其会被许多酸奶产品用来作为卖点，比如说宣称帮助肠道运动的养乐多，但英国《新科学家（NewScientist）》杂志网站9月6日刊发研究称：益生菌基本没用，可能还有害。
根据2014年国际益生菌和益生元科学协会关于益生菌术语的最新定义，益生菌是指：“当施以足够量时可赋予宿主健康益处的活的微生物。”目前市面上主要售卖的包括益生菌饮料、发酵乳制品、发酵豆制品等h含有益生菌的食品，此外也有如益生菌颗粒、益生菌胶囊都药品或保健品，适用人群覆盖成人与婴幼儿。公开资料还显示，目前有用益生菌治疗糖尿病、感冒等一些疾病的临床研究存在。
《新科学家（NewScientist）》是一家国际化科学杂志，也被业内认为是最好的科学杂志之一。根据《新科学家（NewScientist）》文章，以色列魏茨曼科学研究所的免疫学家Eran Elinav和他的同事们直接用内窥镜和结肠镜对健康志愿者的微生物组进行了取样。他们给15名志愿者吃了在商场里就可以买到的益生菌补充制品，研究结果表明，虽然益生菌在某些人的胃肠道中占据了一席之地，但在另一些人的肠道中益生菌却被其他菌群赶出去了。Eran Elinav发现益生菌的定居模式高度依赖于个体。他表示这表明，“人人都能从超市购买的益生菌产品中受益”这种想法是错误的。
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而对于那些胃肠道接受了益生菌存在的人，益生菌是否能帮助恢复和改善肠道微生物群呢？研究人员给21名志愿者服用了相同疗程的抗生素，然后被分为三组，第一组是让他们自己恢复，第二组是给他们服用益生菌，第三组则是给他们使用微生物移植，用他们在使用抗生素之前原有的菌群进行治疗。结果显示，在抗生素清除后，益生菌很容易在第二组人的肠道中定居，但之后长达六个月的时间里却阻止了正常微生物群的恢复。而通过微生物移植治疗的那一组中，肠道微生物群在几天内就恢复了正常。
虽然研究人员没有测量长期微生物群紊乱对临床的影响，但先前的研究发现肠道微生物破坏与肥胖、过敏和炎症之间存在联系。Eran Elinav表示这存在着潜在的危害。
中国农业大学食品学院营养与食品安全系副教授范志红则认为，公众对益生菌应当客观看待，不应期待过高。她对界面新闻记者表示，之前有很多研究和案例都证明有些菌种确实是对人体起作用的，但是也要分个体，益生菌不是灵丹妙药包治百病，主要还是应当依靠合理饮食补充营养，益生菌只是一种调节手段而不应当当做一种主要的手段。
据行业权威机构（Science 2.0， Global Market Insight）数据，2015年全球益生菌市场容量达 626亿美金（4070亿人民币），未来五年市场以7.5%的速度增长，到了2020年全球益生菌市场将达到960亿美金（6，240亿人民币）。2015年中国益生菌市场达50亿美金（325亿人民币），预期未来五年将以10%的增长率继续保持快速发展，2020 年市场容量将达到80.5 亿美金（523亿人民币）。
而在国内，除去一些乳企外，如交大昂立(5.050， -0.07， -1.37%)、汤臣倍健(17.780， -0.84， -4.51%)等A股上市企业也都有布局益生菌领域，就在8月底，汤臣倍健宣布完成收购澳大利亚市场规模最大的益生菌企业之一LSG，交易总价达到约34亿人民币。
