2013年11月29日，台湾地区"卫生福利部"发布部授疾字第1020103474号令，修正发布"传染病防治法施行细则"第3条、第10条、第14条至第16条；增订第5条之1条文。全部条文如下：
第一条 本细则依传染病防治法（以下简称本法）第七十六条规定订定。
第二条 本法所称预防接种，指为达预防疾病发生或减轻病情的目的，将疫苗施于人体的措施。
本法所称疫苗，指配合预防接种或防疫需要的主动及被动免疫制剂。
第三条 本法所定调，其具体措施如下：
一、疫情调查：为了解经通报的传染病个案的感染地、接触史、旅游史及有无疑似病例所为的各种措施。
二、流行病学调查：为了解传染病发生的原因、流行状况及传染模式所为的各种措施。
三、病媒调查：为了解地区病媒的种类、密度及其消长等所为的各种措施。
四、其它调查：前三款调查以外，为了解传染病等发生的状况及原因，所为的各种措施。
第四条 本法所称检验，指为确定诊断或分析疫情，由实验室就相关检体进行化验、鉴定或其它必要的检查等行为。
第五条 本法所称疫区，指有传染病流行或有疫情通报，经"中央"或地方主管机关依本法第八条第一项规定发布的国际疫区或境内疫区。
第五条之一 本法第九条所定传播媒体的范围，包括平面或电子新闻媒体、因特网，及以有线、无线、卫星或其它电子传输设施传送声音、影像、文字或数据者。
本法第九条所定错误或不实讯息的发表人，包括自然人及法人在内。
第六条 本法第二十三条所称各种已经证实媒介传染病的饮食物品、动物或动物尸体，指经主管机关调查或检验其可致传染于人者。
第七条 地方主管机关依本法第二十五条第二项规定所为的通知，应以书面为之。但情况急迫者，不在此限。
第八条 地方主管机关依本法第三十八条规定所为的通知，得以书面、言词或电子数据传输等方式为之。
第九条 未经指定为隔离治疗机构的医疗机构，发现各类应隔离治疗的传染病病人，应配合各级主管机关依本法第四十四条第一项规定所为处置，依医疗法等相关法令规定进行转诊事宜。
第十条 本法第四十四条第三项所定由"中央"主管机关支应的各类传染病病人施行隔离治疗的费用，指比照全民健康保险医疗服务给付项目及支付标准核付的医疗费用及隔离治疗机构的膳食费。
负担家计的传染病病人，因隔离治疗致影响其家计者，主管机关得协调社会福利等有关主管机关依社会救助法等相关法令予以救助。
第十一条 主管机关依本法第四十八条第一项规定为留验、检查或施行预防接种等必要处置时，应注意当事人的身体及名誉，并不得逾必要的程度。
第十二条 医事机构或该管主管机关依本法第四十九条规定施行必要的消毒或其它适当的处置时，应依传染病种类及其传染特性，于传染病病人原居留的病房或住（居）所内外，对可能受到体液、分泌物与排泄物污染的场所及物品，或潜在可能具有传染性的病媒，执行清洁、消毒、杀菌、灭虫及进行具感染性废弃物的清理等相关措施。
第十三条 医事机构依本法第五十条第一项规定施行消毒及其它必要处置时，应依感染控制相关规定，对因传染病或疑似传染病致死的尸体，施予终末消毒；相关人员于执行临终护理、终末消毒、尸体运送、病理解剖及入殓过程中，应着个人防护衣具，以防范感染；主管机关处置小区内因传染病或疑似传染病致死的尸体时，亦同。
前项尸体，如系因疑似第一类传染病或第五类传染病所致者，应先以具防护功能的尸袋包覆，留置适当场所妥善冰存，并尽速处理。
第十四条 本法第五十条第四项所定二十四小时之起算时点如下：
一、尸体经"中央"主管机关依本法第五十条第二项规定施行病理解剖者，自解剖完成时起算。
二、无前款情形者，自医师开具死亡证明书或检察机关开具相验尸体证明书时起算。
本法第五十条第四项所称依规定深埋，指深埋的棺面应深入地面一公尺二十公分以下。
第十五条 "中央"主管机关依第五十条第二项、第三项规定施行病理解剖检验前，应会同地方主管机关确实与死者家属充分沟通，始得作成传染病或疑似传染病尸体病理解剖检验通知书，或疑似预防接种致死尸体病理解剖检验通知书，送达死者家属。
第十六条 "中央"主管机关为因应传染病防治需要，得委任所属疾病管制署办理下列事项：
一、依本法第三十四条规定的感染性生物材与实验室生物安全管理事项。
二、依本法第三十九条第四项规定要求医事机构、医师或法医师限期提供传染病病人或疑似疫苗接种后产生不良反应个案的相关数据。
三、本法第五十条第二项、第三项规定的传染病或疑似传染病，或疑似预防接种致死尸体的病理解剖检验相关事项。
四、本法第五十八条至第六十条规定的国际及指定特殊港埠检疫相关事项。
第十七条 本细则自发布日施行。
