“质量是碧生源的生命，要塑造企业诚信形象，就要严把质量关，向市场提供‘零缺陷’的产品。”这是碧生源宣称的口号。然而，就是这样一家标榜“质量是生命、塑造诚信形象”的企业，却因涉及虚假宣传长期陷入广告违规风波。
在碧生源常润茶的广告宣传中，产品不仅可以清除肠道宿便垃圾及各种毒素，甚至可以改善由宿便导致的口臭、色斑、青春痘等，就连体质类型都可由“燥涩型”改变为“滋润型”。但国家食品药品监督管理局网站上显示，碧生源产品的功能仅是改善便秘。
一直以来，碧生源都被质疑为广告涉嫌违法、夸大宣传。上市前三年，广告违规就多达23次。更曾因产品广告夸大保健功效、误导消费者等，荣登多省药监局“黑榜”。
2006年，广东省第一期违法保健食品广告名单中，碧生源减肥茶赫然在列。违规原因为“未经审批擅自发布”。
2007年，碧生源常润茶再进上海食品药品监督管理局违法广告榜单。违规原因为“擅自篡改审批内容、虚假宣传”。
2008年，北京市工商局公布2007年度十大消费侵权案例，碧生源常润茶因广告虚假宣传被工商部门罚款7.3万元。
2009年，广东省食品药品监督局再次判定碧生源常润茶因“夸大产品适应症、不科学地表示功效”列入违法保健食品广告名单中。
2007—2010年间，碧生源在北京、上海、广东、湖南、辽宁、江苏、内蒙古等地都曾因侵犯消费者肖像权、夸大功效、未获批文等原因被警告、停售或是撤销批文，经销商也有多次违规。
2012年初，碧生源因虚假宣传、夸大产品效应再度引发争议。但碧生源坚称，公司上市后播放的所有广告均有批文，且都处于有效期，因此无任何违规行为。不过也承认，上市前公司广告确曾发生过违规。
事实上，虚假、夸大的广告宣传不仅欺骗和误导了消费者，而且长期食用将对身体产生严重危害。
碧生源常润茶与碧生源减肥茶的主要成分均为番泻叶。碧生源特意强调，常润茶不含泻药。但百度百科中解释，番泻叶为刺激性泻药，通过肠粘膜和神经丛刺激肠蠕动，属于猛药，建议尽量少用。多服容易损害肠粘膜和神经丛，停用之后反而易造成便秘。
武汉市普爱医院医生游建介绍，清肠茶产品中往往含有刺激性泻药成分，主要功效是使肠加快蠕动造成排便，长期服用可产生依赖性，导致肠道功能衰退，或是胃肠道蠕动过频，使肠道排空时间过长，发生粘连、扭转、套叠，从而导致“肠梗阻”，甚至可诱发结肠癌。
