近年来国内外临床试验证实，益生菌酸奶可以改善胃肠不适等症状，但有关专家提醒，食用含益生菌酸奶应注意“三忌”：加热、空腹和过量。
益生菌要在一定温度下才能保持活性，因此一般要冷藏。中国疾控中心营养与食品安全所教授、中国营养学会副理事长杨月欣指出，喝酸奶时如果加热，益生菌的作用就会受到影响。
同时，她指出，如果想用酸奶来解决便秘、消化吸收不好等问题，吃酸奶时也不能空腹，因为空腹时酸奶会和胃酸直接接触，胃酸会把益生菌杀死，难以起到调节肠道菌群的作用。
针对食用益生菌酸奶是不是多多益善的问题，专家表示，并不是越多越好，一方面是吃多了益生菌在肠道中也不能存活，另一方面还要考虑胃的生理功能和承受能力。
尽管益生菌的作用已得到科学界认定，但中国疾控中心营养与食品安全所教授罗雪云指出，迄今我国尚无益生菌酸奶的标准，益生菌酸奶的标识、标签以及市场都亟须规范。“如果声称酸奶含有益生菌，首先必须有临床试验证明酸奶中有活的、足够量的、对人体有益的菌株。”
