日本海水鱼类养殖起源于1928年香川县的堤坝式狮鱼养殖，直到1960年以后，海水鱼类养殖才得到快速发展。这一时期，由于填海和废水排放导致水质污染，过度捕捞等造成天然资源持续减少，而国民收入的增加又带动水产品消费需求的增加，养殖网箱技术的开发和推广等都是促进海水鱼类养殖发展的主要动因。由于养殖鱼类供应稳定，规格统一，也符合这一时期超市采购销售模式，从而进一步促进了海水鱼类养殖业的发展。
为了保证优质蛋白源供应，养殖鱼类已作为天然优质鱼类的替代品逐步向大众阶层转换，降低养殖成本，提高食品安全性等需求也日益高涨。环保型配合饲料的研制，抗生素替代品疫苗的开发和利用也为养殖生产的可持续发展提供了技术支撑。养殖对象遗传育种的品质改良技术也备受关注。近年来，日本通过分子育种标记技术，开发了抗淋巴囊肿病的牙鲆新品种，并已上市销售，为减轻该病造成的危害做出了重要贡献。
