在农产品生产环节，根据今年5月29日新修订的《食品卫生法》，日本开始实施关于食品中残留农药的“肯定列表制度”。新规定将设定残留限量标准的对象增加到799种，且必须定期对所有农药和兽药残留量进行抽检。
针对原来已有残留限量标准的农药，日本政府降低了其允许残留的上限，而对那些没有具体规定限量标准的农药，每公斤农产品中的残留量一律不得超过0．01毫克。
在食品加工环节，原则上除厚生劳动省指定的食品添加剂外，食品生产企业一律不得制造、进口、销售和使用其他添加剂。食品添加剂的安全性还需要通过食品安全委员会进行的食品健康影响评价，具体方法是确定每种添加剂中所含的化学物质，并经动物实验得出毒性测试结果，以此为依据确定人每天允许摄入量，最后在不超过每日允许摄入量的前提下，限定每种食品的添加剂最大使用量。
为确保食品添加剂的安全性，日本政府还调查国民每日添加剂摄入量。一旦调查结果表明摄入量可能引发食品安全问题，相关部门就立刻着手修正添加剂使用标准。
在食品流通和销售环节，日本实行严格的食品标注制度，《日本农林规格法》明确制定了生鲜食品和加工食品的产品标注标准。《食品卫生法》则把食品分成14个大类，规定的标注内容除《日本农林规格法》的项目以外，又包括了是否含添加剂、是否含过敏物质及食用方法等。此外，转基因农产品及以其为原料的加工食品有标明为转基因食品的义务。
