关总署发出预警，指出外资企业在我国粮食领域的控制力正在加强，例如跨国投资企业丰益国际，斥资30亿美元进驻东北，企图垄断国内非转基因大豆的市场。自“入世”后一直硝烟不断的大豆战场正遭遇新的冲击。
按我国的口径，大豆是与谷物（稻谷、小麦、玉米）和薯类一并作为粮食作物统计的。在这几个主要品种中，大豆的自给率是最低的。自1996年开始，我国便由曾经的大豆净出口国变为净进口国，且进口量连年猛增，至2007年已破3000万吨。这也是造成中国大豆种植业和压榨企业目前困境的主要原因。
造成这一局面的原因是多方面的：其一，国内居民食物消费的结构性转变是基础因素。随着城乡居民生活水平提高，食用油消费量和肉禽蛋奶的消费量相对于口粮消费量大幅上升。而肉禽蛋奶消费需求的强劲增长、养殖业形态的规模化发展和农民家庭饲料用量的增加，也间接刺激了对豆粕（大豆提取豆油后得到的一种副产品）等蛋白质饲料需求的井喷式增长。
此外，粮食能源化的甚嚣尘上与穿插其间的生猪价格上涨共同促成了国内玉米生产的狂热扩张。而玉米与大豆一向存在着显著的替代关系，在玉米播种面积增加的同时，挤占的正是大豆种植面积，这在同为玉米和大豆主产区的东北地区表现得尤为明显。
其二，国际资本从加工向生产、仓储、物流等环节的“全流域”扩张是直接诱因。与国外转基因大豆相比，国产非转基因大豆缺乏价格竞争优势。国外大豆的大量涌入，不仅严重挤兑了国产大豆的传统市场份额，直接导致其生产相对过剩。目前跨国粮商已控制了我国40%的大豆加工能力和90%左右的进口量，基本掌握了我国大豆的进口话语权。跨国公司在中国加工行业的战略融资或控股基本完成后，开始向产业链的上下游延伸，抢占流通领域制高点。在此基础上，辅以在粮食期货机制中利用大宗商品定价权翻云覆雨，国产大豆逐渐在四面楚歌之中被逼上价格高地。
其三，我国粮食生产、流通、贸易等领域存在的体制问题是严重的瓶颈制约。中国正处于发展中国家的现代化过程之中，既要确保粮食供应以稳定物价，又要保障农民的利益，解决农民增收问题。具体而言，在生产领域，自2004年开始对农民实施种粮直补，以规避流通过程中的漏损，让农户直接受益。但在那些粮食加工企业少、粮食经纪人或“粮贩子”不活跃、交通又不便的一些粮食主产区，由于粮食在生产上具有的阶段性集中上市的特征，很容易导致“憋粮”现象。长此以往，则豆农的种粮积极性就逐年消退。在流通领域，受制于粮食生产的区域分工和产销分化现状，在运力紧张、库存仓容有限且布局很不对称的情况下，东北粮食主产区“北粮南运”的难度一直很大。更何况在贸易领域长期存在进出口调控措施失当甚至逆向操作，大豆进口需要申领质量许可证，而企业规模和历史进口量是主管部门作出决策的重要依据。这必然鼓励企业不顾现实需要盲目扩大进口规模，放大进口的累积效应，形成恶性循环。
为了避免重蹈2003年第一场“大豆战争”中铩羽而归的覆辙，辨清形势、判明优劣之后，在可把握、可左右的政策领域推进体制改革，这是第二次“大豆战争”成败的关键。
