在将正确的颜色与合适的滋味、稳定性、配料之间相互反应和规章相符合方面，颜色是食品开发中必要的一部分。
基于自身以往对食品的经验，颜色引导我们在接触食品以前就感受到滋味。因此对于食品开发商而言，当尝试传达正确的信息以确保消费者最佳的感官体验时，将正确的颜色与正确的风味相匹配就非常关键。食品开发中省略或降低这一重要性往往是导致产品的失败的原因。
食品饮料市场中，一个产品的成功很大程度上取决于其风味和外观。消费者在摄入一个食品或饮料之前，往往会有意或无意的根据产品的外观来判断其口味、风味强度、乃至整体质量。从生产商角度，色素在产品存在天然差异时提供了一致性，它们还能取代或增强在加工过程中损失的颜色。因此，能促进食品饮料产品的外观的色素，成为了食品生产加工中重要的一类配料。
具有吸引力外观的产品对消费者非常重要，这也同样适用具有营养保健特点的功能性食品饮料产品。其中，由于还具备其它营养保健功能特点，天然色素也具有增强促进功能性食品饮料的功能性。
从健康角度出发
色素市场的主流趋势已经渐渐显示，更多的消费者偏好源自天然的色素，而不是合成的同类产品。“天然”的概念来自天然功能性食品和饮料；含合成色素的功能食品和饮料，容易被认为与功能性食品的整体概念不一致。健康产品的消费者总是偏好天然产品和配料，这也包括配料，他们认为“天然”传达了有益健康的概念。
由水果和蔬菜中提取的天然色素对于要求“天然”标示的功能性食品尤其适合。消费者也正不断意识到摄入有色水果和蔬菜的重要性。一些术语，如花青素类、胡萝卜素、植物营养素和植物化学物正在大众科普读物中变得更常见，因此以蔬菜或水果汁液着色的产品也被很好的接受。
由于消费者对天然色素需求的不断增加，许多食品饮料公司已经意识到这一消费趋势，尽量可能在生产加工中应用天然色素。其中的主要原因之一便是：合成色素的安全性在过去数年已经被质疑，特别是在儿童食品中。一些慢性疾病，例如儿童的哮喘、过敏和注意力缺失失调（ADD），都与他们摄入的饮食相关。因此，随着此类病症与合成配料之间联系的进一步被证实，越来越多的消费者也正意识到天然色素和合成色素之间的差别，食品标示将更严格，天然色素将更受欢迎。
但是，虽然天然色素被视作食品饮料业的理想配料之一，合成色素在不远的未来被天然色素完全替代的可能性并不大。首先是成本方面的问题，现实应用中合成色素提供了确实的成本和功能上的优势。天然色素要比合成色素更加昂贵。许多正尝试进入功能性食品和饮料领域、但又更关注利润空间的食品公司，在开发某个产品时，会考虑许多影响因素如目标市场、所期望的色调、产品所要求的货架期、以及成本等，因此他们仍可能较难使用天然色素。
另一个影响天然色素在市场上普及的原因是消费者的意识。如果大众似乎不反对合成色素的使用，那么天然色素就较难立足市场，譬如在大众对合成色素不敏感的美国，天然色素尚未进入主流市场。而在欧洲，天然色素就普及得多。欧洲消费者有更强的健康意识，愿意为此花费更多。而在亚洲，天然色素正变得更普及，例如日本趋于更健康保健的食品。
因此，业内专家的看法是，天然色素和合成色素都会在各自的适用范畴普及。由天然来源衍生而得的色素趋于成为首选，因为它们符合功能性食品和饮料产品所宣传的“有益健康”的形象。
所谓天然的问题
然而，对于开发功能性食品的开发商来说，目前天然色素的运用中存在众多的问题需要面对。天然色素的稳定性是其中一个重要的问题。对于传统的食品和饮料，加工处理过程和储存条件下的各种配料和最终产品的稳定非常重要。在功能性食品饮料应用天然色素的特定例子中，稳定性对其它配料或强化产品的营养成分，如维生素和矿物质，也非常关键。
研究报道，对于某些食品产品，天然色素要比其它同类合成色素更适合。由于退色更快，天然色素更容易褐变。因此，基本上无需长久货架期的产品才能使用天然色素。由于易于暴露在对天然色素有着不利影响的光线下，饮料产品中天然色素的使用特别具有挑战性。某些产品对天然色素更合适，例如酸奶等具有短货架期的产品。一般来说，不需要长达1至2年的货架稳定期的任何食品，将都更易成为天然色素的市场。
pH值也是天然色素的一个难题。天然色素通常在pH值超过4时就不会非常稳定，开发人员需要提高这个水平的限制；而合成色素的pH基本上低于7就可以。从这个角度看，饮料又是天然色素合适的应用对象，因为饮料趋向于保持更低的pH范围。酸奶和冰淇淋则要更高一些，因此色素的稳定不会持续很久。但是，天然色素总体上是适合这些产品的应用的，因为它们不需要很长的货架期。
而在具体应用过程中，不同特性的天然色素类会产生不同的问题。例如，当花青素类被用于着色功能性饮料时，某些特定的问题会产生。随着钙的强化，饮料的pH值会提高，而花青素类色素会随着pH值的增加而褪色。至于维生素C和花青素类的混合，非常低水平的抗坏血酸有助于稳定颜色，不过强化饮料中更高水平抗坏血酸却会导致花青素的降解。现在许多产品都以维生素C强化，而花青素类对维生素C并不稳定，从而导致产品更短货架期。
有专家认为，维生素C会对天然色素造成破坏。如果一个饮料生产商需要100%维生素C来开发一种天然饮料，他们已经陷入麻烦；因为天然色素已经存在稳定性问题，而通过添加了维生素C，稳定性问题变得更糟糕。
不过，天然色素最大的问题并非功能性，而是相关的法规政策。它是这个市场拓展的一个障碍。例如在美国，由于法规问题，许多天然色素被限制。典型的是，如果色素获得的是非公认安全（non-GRAS），那它就不能被应用，除非获得自我肯定的公认安全（self-affirmed GRAS）或者通过食品添加剂请愿，或者通过常规公认安全（general GRAS）批准程序。
因此，许多专家认为，由于现有的天然色素很少，市场将继续缓慢增长。即使在最近几年，越来越多的产品应用天然色素，但不会是巨大、爆炸式的增长。随着更多的消费者对天然色素的需求，这个市场将以稳定的速度增长，缓慢而平稳。
有待进一步研究
天然着色剂成分复杂，经提纯后，其性质也有可能与原来不同，而且在加工中，其化学结构可能变化等等，故天然物本身并不能保证都是安全的，所以，天然色素也要经过毒理实验，其一般要求是：（1）凡从已知食物中分离出来的，化学结构上无变化的色素，又应用于原来食物，其浓度又是原来食物中的正常浓度，对这种产品可不需要进行毒理检验。（2）凡从食品原料中分离出来的，化学结构上无变化的色素，当其使用浓度超过正常浓度时，对这种产品需要进行毒理评价，各项要求与合成着色剂的毒理评价要求相同。（3）凡从已知食物中分离出来的，但在其生产过程中化学结构已发生变化的着色剂，或从非食品原料中分离出来的天然着色剂，都要进行与合成着色剂相同的毒理评价。
有那么一些天然色素
黄酮类化合物多呈黄色，同时又具有很宽的溶解特性，既有水溶性类，又有脂溶性类，可以据食品加工的需要而加以选择。目前已获准使用的主要有花青素和查尔酮类。含花青甙的食用色素有：杜鹃花科越橘红色素、锦葵科玫瑰茄红色素、葡萄科葡萄皮色素、忍冬科蓝锭果红色素、蔷薇科火棘红色素、唇形科紫苏色素；以查儿酮甙为主的有：菊科的红花黄色素、菊花黄色素；梧桐科可可色素主成分则是黄酮醇的聚合物，茶科红茶红色素则是儿茶素等多酚类物质的聚合物，禾本科高粱红色素成分为5，7，4＇一三羟基黄酮。
红曲产品从用途上分为食品着色剂、酿酒（醋）类、医疗保健类几大类。用于火腿肠、午餐肉着色的食用红曲红，虽然与降脂功能性红曲的特征有所不同，有的色素用红曲也会产生少量的具有降脂功能的莫纳可林K（含量一般在千分之一左右）。
