倒置荧光显微镜是近代发展起来的新式荧光显微镜，就其光路来分有两种：一是透射式荧光显微镜，激发光源是通过聚光镜穿过标本材料来激发荧光的。二是落射式荧光显微镜，这是近代发展起来的新式荧光显微镜，特点是激发光从物镜向下落射到标本表面，即用同一物镜作为照明聚光器和收集荧光的物镜。
倒置荧光显微镜由荧光附件与倒置显微镜有机结合构成的，主要用于细胞等活体组织的荧光、相差观察。 倒置显微镜（Inverted microscope）是为了适应生物学、医学等领域中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微观察。由于这些活体被检物体均放置在培养皿（或培养瓶）中，这样就要求倒置显微镜的物镜和聚光镜的工作距离很长，能直接对培养皿中的被检物体进行显微观察和研究。因此，物镜、聚光镜和光源的位置都颠倒过来，故称为"倒置显微镜"。倒置显微镜多用于无色透明的活体观察，在倒置显微镜的基础上添加一套荧光附件：激光激发块，荧光光源，荧光照明器，激发块切换装置，即可进行倒置荧光观察。
进口四大品牌显微镜都有相应的倒置荧光显微镜，如奥林巴斯的IX71倒置荧光显微镜，CKX41倒置荧光显微镜，尼康Ti系列倒置荧光显微镜。国产品牌显微镜厂家近年随着相差技术与荧光成像技术的不断提升，也推出多款倒置荧光显微镜，MSHOT MF51就是一款，其荧光亮度高，且成像清晰，接近国外同类中档显微镜的水准。
高信噪比(S/N)，能够捕获极弱荧光
世界领先的光学品质——对现代生命科学研究至关重要
荧光观察的理想情况是采用最低量的激发光照射捕获高对比度的图像，由此将细胞受损及荧光衰减的机会降至最小。奥林巴斯公司对UIS2系统的物镜进行精密的设计，使用微弱的激发光即可捕获明亮的荧光图像。光透过率进步的同时也提高了UIS2光学系统的信噪比。
倒置荧光显微镜的光路原理
倒置荧光显微镜的光路原理
干涉镀膜荧光激发块的性能改进
荧光激发块的干涉膜采用了新型镀膜技术，激发带宽(BP)以及荧光带宽(BA)比传统谱线缩短了6nm，使信噪比更进一步得到提高。奥林巴斯的荧光激发块采用硬镀膜技术，大大延长了激发块的使用寿命，提高了在潮湿环境中的使用性能。
荧光蛋白专用高质量荧光激发块
BX2系列HQ型荧光激发块最适宜的波长是ECFP/EFP/EYFP/DsRed。高锐化镀膜以及高透过率(90%-95%)可有效地透过荧光蛋白所发射的荧光。这样，即使采用微弱的激发光仍可观察到明亮的图像，同时，防止荧光衰减，并将细胞受损的可能减至最小。
减少杂散光的功能
当在分光镜对激发光进行反射时，杂散光的微量透射就可造成噪声上升。奥林巴斯公司的荧光激发块经由其独特的光吸收涂层可吸收99%以上的杂散光，减少信号干扰，获得高质量图像。
荧光成像用高数值孔径物镜
BX2系列具有新研制的PLAPON60XO物镜的特点，提供了当今普通观察方法用物镜最高的数值孔径(N. A.：1.42)，用于荧光成像，同时具有先进的通用特性。除了其突出的荧光信噪比之外，也可进行紫外激发，这在以前的普通显微镜是不能做到的。UPLSAPO100×O物镜在340nm处(紫外)仍然维持着高透过率。
