无公害农产品生产过程中，必须按照优化配方施肥技术，以有机肥为主，以保持或增加肥力及土壤生物活性为目的。所有肥料，尤其是富含氮的肥料，不应对环境和作物（营养、食味、品质和植物抗性）产生不良后果。允许使用的肥料种类：
1.有机肥：堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆、饼肥。
2.无机肥：矿物氮肥、矿物钾肥和矿物磷肥（磷矿粉）、石灰石；按土肥、农技部门指导的优化配方施肥技术方案配制的氮肥（包括碳铵、硫铵）、磷肥（包括磷酸二铵、磷酸一铵、过磷酸钙、钙镁磷肥）、钾肥和其它符合要求的无机复合肥。
3.微量元素肥料：以铜、锌、铁、锰、硼、钼等微量元素及有益元素为主配制的肥料。
4.中量元素肥料：以钙、镁、硫、硅等中量元素为主配制的肥料。
5.微生物肥料：植物生长辅助肥料，用天然有机提取液或接种有益菌类的发酵液，添加一些腐殖酸、藻酸、氨基酸、维生素、糖等配制的肥料（包括活性四维肥、土壤活性剂及根瘤菌、固氮菌、磷细菌、硅酸盐细菌等复合微生物肥料）。
6.复合肥料：以上述肥料中的两种或两种以上，按科学配方配制而成的有机和无机复合肥料。
