2001年7月18日，江苏省南通药品监督管理局挂牌成立，为江苏省药品监督管理局直属机构，主管南通市药品监督管理。下辖南通地区六县（市）药品监督管理局和药品检验所。核定编制48人（含附属编制4人）。
2005年6月18日，江苏省南通食品药品监督管理局挂牌成立，为江苏省食品药品监督管理局直属机构，主管南通市药品监督管理以及食品、保健品、化妆品安全管理工作的综合监督。在南通药品监督管理局原有职能基础上，新增对食品、保健品、化妆品安全管理工作的综合监督，组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督管理工作以及依法组织开展对食品、保健品、化妆品重大安全事故的查处等职责。下辖南通地区六县（市）药品监督管理局和药品检验所。核定编制48人（含附属编制5人）。
2010年5月7日，南通市政府印发了《南通市人民政府机构改革实施意见》，明确“江苏省南通食品药品监督管理局由省以下垂直管理改为市政府工作部门，并更名为南通市食品药品监督管理局”。11月19日南通市人民政府办公室印发《南通市食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制的规定》。该“三定方案”规定，将原江苏省南通食品药品监督管理局的职责划入南通市食品药品监督管理局，将综合协调食品安全、组织查处食品安全重大事故的职责划给市卫生局，同时划入市卫生局原先承担的保健食品、化妆品监管职责。南通市食品药品监督管理局设10个内设机构：办公室（信息处）、人事教育处（对外交流与合作处）、规划财务处、政策法规处、保健食品化妆品监管处、药品安全监督处（药品不良反应监测处）、药品流通监管处、医疗器械监管处、稽查处（市药品监督稽查支队）、行政许可服务处，另按有关规定设立机关党总支，核定机关行政编制50名。
地址：南通市人民西路88-5号
电话：0513-85032656
