西瓜真菌性枯萎病和细菌性枯萎病症状有许多相似之处，在生产活动中不易区别，容易混淆，以致防治不当，殆误防治最佳时机，造成重大损失，实质它们是有着根本性区别的。
一、症状区别
1.真菌性枯萎病 西瓜全生育期均能发病。苗期发病，子叶萎蔫，须根少，基部收缩，易变褐猝倒。伸蔓结瓜期发病、病株叶片自下而上呈失水状萎蔫，初发病时中午萎蔫，夜间能恢复正常。一般反复3～5天即枯死，大部分整株死亡叶片呈褐色连在茎上不脱落，也有的是一蔓或两蔓枯萎，其余蔓正常。茎基部易发生纵裂，裂处常有胶质物溢出。根系呈水浸状腐烂，湿度大时变褐枯死后病部出现粉红色霉状物，发病时纵切茎基部可见维管束变褐。
2.细菌性枯萎病 又称西瓜青枯病，以为害茎蔓为主。植株染病上端茎蔓出现萎蔫，最后全株枯萎而死。剖开茎用手挤压，有乳白色菌脓溢出。但维管束一般不变色，此病根部也不腐烂，是与真菌性枯萎病相区别的重要症状。
二、病原区别
1.真菌性枯萎病 由半知菌类尖镰孢真菌所侵染，此真菌主要为害西瓜，大多不为害黄瓜、甜瓜等，病菌一般分布在15～30厘米的耕作层内。在8～34℃都可使植株致病，24～32℃为最适温度。
2.细菌性枯萎病 由西瓜萎蔫病欧文氏细菌所侵染，此细菌除为害西瓜外，还为害冬瓜、甜瓜、黄瓜等葫芦科作物，最知生长适温度为25～30℃，最低8℃，最高42℃，经8～10分钟可致死。
三、发病条件区别
1.真菌性枯萎病 主要靠土壤传播，尤其以未腐熟的有机肥为主，由胚芽、根尖和伤口侵板材，发病程度取决于当年侵染的苗量，在灌水不当、连阴雨天气重，土壤粘重、偏施氮肥，地势低洼田发病重；施用未腐熟带菌有机肥、管理粗放、土壤酸性、天气多变及地下害虫为害重，都易诱发染病。
2.细菌性枯萎病 病菌则从伤口侵入侵染植株。西瓜生育期内，病菌通过介体甲虫进行多次侵染。若越冬食叶甲虫量大，带菌量大及暖冬则有利于发病，西瓜生长期内晴时雨，天气闷时则发病重。
四、防治方法区别
1.真菌性枯萎病
①选用抗病品种，如郑抗1号、郑抗2号、超级京欣1号等。②不种重茬地，选择7年以上没有种过西瓜的地块，提倡实行水旱轮作，与非瓜类作物轮乍，采取嫁接栽培。③进行种子处理，可用55～60℃的温水浸种10分钟或用50%的多菌灵可温性粉剂1000倍液侵种30分钟。④苗沫和育苗用的营养土不用西瓜地土，在西瓜移栽时避免伤根，产并注重防治线虫。⑤农家肥要经过高温堆制，提倡施用酵素菌沤制肥，勿偏施氮肥、提倡磷肥肥配合施用，酸性土壤可酌施石灰或草木灰，浇水不要串浇，及时清除病株病蔓并带出瓜地深地。⑥在幼苗期、团棵期、伸蔓期、坐瓜期用70%甲基托布津800倍液，70%双效灵1200倍液药剂进行喷雾防治。发病初期用NEB重茬剂每袋对水50千克灌根，每株灌药液100毫升，或4%农抗120水剂100毫克千克，或30%恶霉灵水剂500毫克千克，每株灌150～200毫升药液，每7～10天1次，连灌2次，可在到较好的治疗效果。在坐果前后用细胞分裂青500～600倍液加0.2%人磷酸二氢钾或在每20～30千克水中加硼砂6克、50%多菌灵可湿性粉剂10克，磷酸二氢钾10克，喷洒植株，隔7～10天1次，连喷3～5次，能起到增产防病效果。
2.细菌性枯萎病
①注重防治西瓜甲虫，减少伤口。②发现病株及时拔除，并用石灰对病穴进行消毒。③发病初期用78%波?锰锌可湿性粉剂500倍液或47%加瑞农可湿性粉剂700倍液进行喷洒，隔7～10天1次，连喷2～3次。
