贯彻TS16949标准与ISO9001标准相比其主要的差别在于：
1、在内容上的区别
TS16949从标准的内容上来说比ISO9001标准多。结构上，其分为三个部分：
第I部分：以ISO9000为基础的要求；包括ISO9001标准的第4 部分和58个新条款；
第II部分：行业特殊要求；包括3个新增加要求，即生产件批准程序、持续改进、制造能力。这3个要素共增加9个条款要求。
第III部分：顾客（即三大汽车公司和卡车制造商）的特殊要求；规定了各自的标识惯例、关键特性、评审、热处理、材料认定、标签和其它。
另外，TS16949 实际上是一套而不是一个孤立的文件，除TS16949质量体系要求标准外，它还包括以下配套手册：
质量体系评定指南（QSA）；
产品质量先期策划和控制计划（APQP）参考手册；
潜在的失效模式和效果分析（FMEA）手册；
生产件批准程序（PPAP）手册；
测量系统分析（MSA）参考手册；
基础统计过程控制（SPC）参考手册；
以上均在TS16949标准内被相互引用，其中包括大量为供方使用的表格，因此从这点来说，对体系的设计就相对ISO9001来得简单。
2、在取得认证方式上的区别
TS16949第二、三方认证评审一般采用QSA作为审核输入。尽管QSA只是一个固定的提问清单并不见得会被评审员直接用来提问，但这样的提问清单可减少不同认证机构之间的差别。
3、在要求上的区别
TS16949增加最多的部分如下：
业务计划，尽管这部分内容不须经第三方审核；
明确顾客满意、趋势和指示，基准等；
失效模式和效果分析（FMEA）；
与政府安全和环境法规的要求一致；
过程能力分析；
生产件批准（PPAP）；
测量系统分析（MSA）；
组织交付能力的监控；
持续改进；
防错。
大部分的以上要求为通用要求并非只针对汽车工业。对持续改进的要求应覆盖质量和服务（包括时间、交付和价格）等方面。
生产件批准为一种实用技术，它不仅仅被汽车行业采用。防错是应用过程或设计特性来防止不合格品的产生。已获得ISO9000认证注册的组织可采用把以上方法融入8.5.3条款。
TS16949的先期质量策划拓展了ISO9001标准对质量策划的要求,同时将质量计划和控制计划结合在一起。
失效模式和效果分析作为一种策划工具，也可用作预防措施工具，在TS16949标准的预防措施或设计要求中可以引用该方法倒是令人奇怪的。
对供方的管理比ISO9001要求明确，对供言的开发被作为TS16949的一个要求，同时要求供方必需通过PPAP。
4、另一与ISO9001标准有较大区别的是：TS16949更关注职业健康安全（OHSAS18000）和环境（ISO14000）要求而ISO9000更关注产品的质量。这一点很好理解：因为汽车公司的供方必须是干净和符合法律法规的－即各大汽车公司承担不起因法律原因失去供应商而带来的损失。
