吕梁市食品药品监督管理局组建于2002年2月，初名吕梁地区药品监督管理局，属省以下垂直管理，2004年12月更名为吕梁市食品药品监督管理局。2009年7月划归地方管理。全局共有行政编制40名，事业编制
7名。局领导班子由6名成员组成，其中，局长1名，副局长3名，食品总检验师1名、药品总检验师1名。内设办公室（政策法规科）、人事财务科、食品生产监管科、食品流通监管科、餐饮监管科、药品市场监管科、药品生产监管科、稽查科（应急管理科）、医疗器械监管科、保健食品化妆品监管科、行政审批科、等11个科室和吕梁市食品药品检验所、教育培训中心、食品药品执法大队、药品不良反应监测中心4个事业单位。
根据《吕梁市人民政府办公厅关于印发吕梁市食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（吕政办发［2013］121号）规定，吕梁市食品药品监督管理局承担的职责是：
（一）监督实施国家食品（含餐饮服务食品、食品添加剂、保健食品，下同）安全、药品（含中药、民族药，下同）、医疗器械、化妆品监督管理的法律法规和规章，起草规范性文件并监督实施，推动建立落实食品安全企业主体责任、地方各级人民政府负总责的机制，建立落实食品药品重大信息直报制度，并组织实施和监督检查，着力防范区域性、系统性食品药品安全风险。
（二）监督实施食品行政许可的实施办法，建立食品安全隐患排查治理机制，制定食品安全检查年度计划、整顿治理方案并组织落实。参与制定食品安全风险监测方案，并据此组织开展食品安全风险监测有关工作。
（三）监督实施国家药典等药品和医疗器械标准、分类管理制度。监督实施药品和医疗器械研制、生产、经营、使用质量管理规范。负责第一类医疗器械注册和药品零售企业许可及经营质量管理规范认证并监督检查。建立药品不良反应、医疗器械不良事件监测体系，并开展监测和处置工作。承担执业药师注册初审工作。配合实施国家基本药物制度。监督实施国家化妆品监督管理办法。
（四）监督实施食品、药品、医疗器械、化妆品监督管理的稽查制度，组织查处重大违法行为。监督实施问题产品召回和处置制度。
（五）负责食品药品安全事故应急体系建设，组织和指导食品药品安全事故应急处置和调查处理工作，监督事故查处落实情况。
（六）负责制定食品药品安全规划并组织实施，推动食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系和信息化建设。
（七）负责开展食品药品安全宣传、教育培训、对外交流与合作。推进诚信体系建设。
（八）指导县（市、区）食品药品监督管理工作，规范行政执法行为。完善行政执法与刑事司法衔接机制。
（九）承担市食品安全委员会日常工作。负责食品安全监督管理综合协调，推动健全协调联动机制。督促检查县（市、区）级人民政府履行食品安全监督管理职责并负责考核评价。
（十）承办市人民政府和市食品安全委员会交办的其他事项。
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