一、种子收获不当造成的机械混杂
在种子收获、脱粒、清选、晾晒、贮藏和运输过程中，不认真执行技术操作规程易造成辣椒种子混杂。应采取如下措施:①分品种进行收获，不同品种分别堆放，严防机械混杂。②在脱粒、清选、晾晒、贮藏及种子处理和播种等操作中，事先要对场所和用具进行清理，并认真检查，清除以前残留的种子。晾晒种子时，不同品种要保持较大距离，以防风吹或人畜践踏而引起品种混杂。对含水量较高的种子不宜在烈日及水泥地上曝晒，以防损伤种子，影响发芽率。③贮藏、分装、种子处理时，容器外均应附上标签。注明品种、等级、数量、纯度。④留种地必须与其他品种保持一定的距离。⑤留种田在育苗和田间生长期的不同生育阶段，进行田间检查，随时进行去杂、去劣、去病。
二、天然杂交所引起的生物学混杂
作为常异交的辣椒，由于隔离不够而发生不同变种、品种或类型之间的天然杂交(串花)，从而造成非本品种的配子参与受精过程，产生一些杂合个体，这些杂合体在继续繁殖过程中，就会产生许多重新组合的类型，使原品种群体的遗传结构发生很大的变化，造成品种的混杂和劣变。防止品种、变种类型间的天然杂交，应进行必要的隔离留种:①机械隔离:主要应用于繁殖少量的原种或原始材料的保存。其方法是在开花期采取花序套装、网罩隔离和大棚温室采种等。②花期隔离:主要采取分期播种、分期定植，使不同的辣椒品种的开花期前后错开，以避免天然杂交。③空间隔离:这是一条最简单易行的措施。只要将不同的辣椒品种、变种、类型相互隔开100米之外，即可进行留种。三、留种株数过少和连续(近亲)繁殖造成退化在良种繁育过程中，留种株数过少并连续强行套袋留种，都会造成品种群内基因型的单纯化和遗传基础贫乏，从而造成品种的生活力降低，适应性减弱。因此，留种株数不宜过少，也不应连续强行留种。
