对于绿色食品的生产过程中可施少量农药，有人可能忧心忡忡，但这是不必要的。农药有许多种类，有高毒品也有低毒品。世界上新发展起来的不少农药品种都是低毒、低残留、生物可降解的环境友好型农药，有的甚至本身就是生物体的正常成分，也就是所谓的生物农药，不会对人体和环境造成危害。绿色食品既然能够符合国家标准，就证明它是无污染、无危害、对人安全有益的食品，人们可以放心地食用。
为了确保绿色食品的质量，合理使用和管理生产绿色食品的农药，我国特制定了《绿色食品的农药使用规则》。它是生产绿色食品的生产资料使用系列准则之一。
规则规定，绿色食品生产应从作物--病虫草等整个生态系统出发，综合运用各种防治措施，创造不利于病虫草害孳生和有利于各类天敌繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫草害所造成的损失。要优先采用农业措施，通过选用抗病虫品种，尽量利用灯光、色彩诱杀害虫，机械捕捉害虫，机械和人工除草等措施，防治病虫草害。
在特殊情况下，必须使用农药时，应按绿色食品的分类遵守以下准则：
AA级绿色食品的农药允许使用AA级绿色食品生产资料农药类产品。在AA级绿色食品生产资料农药类不能满足植保工作需要的情况下，允许使用某些指定的农药及方法。
A级绿色食品的农药允许使用AA级和A绿色食品生产农药类产品。在AA级和A级绿色食品生产资料农药类产品不能满足植保工作需要的情况下，允许使用指定的农药及方法。
此外，还需严格执行以下规定：
1.严禁使用剧毒、高毒、高残留或具有三致毒性(致癌、致畸、致突变)的农药。
2.每种有机合成农药(含A级绿色食品生产资料农药类的有机合成产品)在一种作物的生长期内只允许使用一次。
3.有机合成农药在农产品中的最终残留应符合GB4285等标准的最高残留限量(MRL)要求。
4.严禁使用高毒高残留农药防治贮藏期病虫害。
5.严禁使用基因工程品种(产品)及制剂。
另外，农业部门根据各地蔬菜市场农药检测结果综合分析，发现农药残留易超标的蔬菜有：白菜、青菜、鸡毛菜、韭菜、黄瓜、甘蓝、菜豆、芥菜等。其中韭菜、油菜受污染可能性最大。青菜虫抗药性较强，菜农为了尽快杀虫，会选择高毒农药。韭菜的虫害韭蛆常生长在母体内，所以菜农用大量高毒杀虫剂灌根，而韭菜具有的内吸毒特征使得毒物遍布整个株体。相比较，茄果类蔬菜如青椒、番茄等，嫩英类蔬菜如豆角等，以及鳞茎类蔬菜如葱、蒜、洋葱等农药残留超标现象较少。
