认证行政监管是认证监督部门对认证过程及结果的确认，通过不同的行政执法手段验证认证过程和结果的有效性，但绝不能等同于认证机构的再审核，同时由于食品农产品认证监管涉及认证种类多，专业性、技术性较强，同时涉及生产、流通多个领域，农业、工商等多个部门，在监管执法中有几点需要注意：
一是准确的信息来源。在认证信息方面，要充分利用国家认监委“中国食品农产品认证信息系统”（ http://food.cnca.cn）。也可通过认可机构和认证机构网络渠道获得必要的信息，认可机构和认证机构有义务向各级质检部门及时提供认证监管执法工作中所需要的获证企业或者获证产品的相关认证信息和技术资料，并有义务应质检部门要求而提供必要的技术支持。
二是明确监管执法重点。食品农产品认证体系的建立和实施时间还不长，一些认证制度的还处在逐步规范和推进试点阶段，有的还带有一定行政色彩，因此食品农产品监管和执法的重点应是查处虚假认证、假冒伪造认证标志、超范围认证等冲击认证市场基本秩序的行为。而对于获得认证的产品，在认证标志使用、包装等不规范等行为应以引导、帮助其尽快达到要求为主，避免出现获得认证的产品受到反复检查，而假冒认证、虚假认证产品却得不到应有惩罚现象的产生。
三是要因地制宜，逐步深入。目前我国推行的各种食品农产品认证制度发展程度不同，差别很大，如有机产品认证、HACCP
认证、食品安全管理体系认证发展相对比较成熟，而良好农业规范认证、饲料产品认证、食品质量（酒类）认证等认证制度刚刚起步，认证数量还不是很多；各种监督检查方式对监管人员能力要求和经费预算要求差别很大，如对认证机构、认证企业实施现场监督时，则对监督检查人员的技术能力要求较高，要求对认证审核程序、相关标准等比较熟悉，抽样检测则要求有充足的经费保障，各地应根据辖区内认证市场发展情况、监管人员能力和技术支撑情况、培训情况、经费预算情况等综合考虑，制订切实可行的监管计划。
四是加强协调和配合工作。地方两局间要注重相互信息沟通和监管工作统筹安排、互相配合，同时各级质检部门还需通过加强与辖区内有关行业主管部门、行业协会的沟通，获取有效信息，有针对性地开展认证行政执法工作。在监管中还应增强全局意识，服务于国家经济建设大局，注意区分认证机构的认证行为和地方行政部门的行政行为。
