1．遗传因素。基因异常是自然流产最常见的原因，早期流产时染色体异常者占50%～60％。而染色体异常可分为数目异常和结构异常。染色体数目异常有多倍体、三体、单体等；结构异常有染色体断裂、缺失和易位等。染色体异常的胚胎多数会发生流产。而造成染色体异常的原因有由父母遗传而来和后天环境因素影响。流产后的妇女应和丈夫一起做染色体检查以了解是否存在问题。如检查有问题，宜向有关医生咨询能否再次妊娠及有关事项。
2．环境因素。能够引起自然流产的环境因素有物理性的、化学性的和生物性的。如放射性物质、重金属、DDT、农药及TORCH感染(指风疹病毒、疱疹病毒、巨细胞病毒及弓形体等)。如妊娠前后有不良环境接触，均有可能造成自然流产。
3．母体因素。孕妇患某些疾病，如急性传染病可使胎儿死亡、流产；黄体功能不全、甲状腺功能低下或亢进、糖尿病都可影响蜕膜、胎盘、胎儿的发育而流产。如为此种因素应积极治疗原发病，或妊娠期间用药控制病情使之稳定达到预防流产的目的。
4．免疫因素。妊娠后由于母儿双方免疫不适应而导致母体排斥胎儿以至流产。临床上常检查的有血型抗体、抗心磷脂抗体、抗卵巢抗体、抗子宫内膜抗体、抗精子抗体等。如有此类免疫因素存在，应针对病因施治。待免疫因素消除后再次妊娠。
