给种蛋消毒方法有水洗法(新洁而灭消毒法、氯消毒法、碘消毒法)，一般采用甲醛熏蒸消毒法效果最好。具体做法：每立方米用15g高锰酸钾、30ml甲醛(40%)溶液在20～24℃温度和75～80%的相对湿度条件下，在密闭的条件下熏蒸20～30分钟，可杀死蛋表面95%～98.5%的病原体;以同样的浓度在入孵器里进行第二次消毒。用甲醛熏蒸消毒法时，应注意下列几点：
1、种蛋在孵化器里熏蒸消毒时，应避开1～4天胚龄的胚蛋。因为上述药物对1～4天胚龄的胚胎有不利影响。
2、福尔马林(40%)与高锰酸钾的化学反应剧烈，采用陶瓷或玻璃容器，应先加少量温水，加高锰酸钾后，再加入福尔马林。
3、种蛋送至孵化厂消毒室后，如蛋壳上凝有水珠，熏蒸时对胚胎不利。解决方法是提高温度，等到水珠蒸发后，再进行消毒。
