在低温贮藏过程中，冷库管理的好坏对果实的贮藏寿命影响很大。
①入库前冷库的消毒。特别是长期贮藏着其他果蔬的冷库，在换贮另一种类时，使用前一定要进行消毒，防止库内的微生物侵染贮藏的果实而导致贮藏过程中的腐烂。一般可采用福尔马林、漂白粉、过氧乙酸或乳酸，也可采用臭氧进行消毒。
②冷库降温。在荔枝果实入库前，应先将库温降到荔枝的贮藏适宜温度3～5℃。让经预冷后的荔枝在进入冷库时，就有一个适宜的环境，以免受到环境温度波动的影响。
③控制出入库量。每天或每次的出入库量应有一定的数量，一般为库容的10%～20%，最好不要超过30%，以避免由于过多货物的进出而影响库房温度，导致大幅度的波动。
④库房温度的控制。假如荔枝是直接在冷库内预冷，在预冷后把分散堆放的荔枝重新堆叠码垛。为使荔枝以后降温均匀和温度恒定，在堆码上有一定的要求，一般码成怅方形的堆，堆与堆之间距离0.5～1米，堆高不能超过风道喷风口，距风口下侧0.2～0.3米，离开冷风机周围至少1.5米，与冷库壁和库顶应距0.3～0.5米，特别是库顶，多留空间对冷空气的流通很有必要。通常，冷库地面要铺垫0.1～0.15米高的地台板，库内中间走道应有1.5～1.8米宽，方便搬运与堆叠。
⑤冷库的气体管理。冷库需有通风装置，定时排换库内气体，引入新鲜空气，换空次数和时间视贮量多少时间长短而定，尽量在温度较低的早晨或晚间进行。
不作长期贮藏的荔枝，一般在预冷达到预定温度后即可出库转运到销地市场。
⑥出库。最好能使用逐步升温的方式出库，以免温度的骤升刺激果实呼吸及其他生命过程的突变。
