卫生部出台的《食品安全行动计划》确定了要以控制食品污染，减少食源性疾病，保障消费者健康，促进经济发展为总目标。并确定到2008年在保障食品安全的水平上要实现五个目标；建立较完善的食品卫生法律法规与标准体系；建立和完善食品污染物监测与信息系统；建立和完善食品污染物监测与信息系统；建立和完善食源性疾病的预警与控制系统；建立加强食品生产经营企业自身管理的食品安全监管模式；建立有效保证食品安全的卫生监督体制和技术支撑体系。
《计划》强调，要加强食品行业及企业的管理。首先，要建立企业诚信机制。食品行业协调有关部门建立和加强食品企业的诚信和食品安全承诺制度。对采用先进管理技术和方法，并具有良好信誉和确保食品安全的企业予以鼓励和表彰。其次，要严格执行不合格食品收回制度。规范企业及行业管理，加强市场监督抽检，以落实不合格食品收回制度。第三，在食品企业中推行食品卫生管理员制度。建立食品卫生管理员培训，考核及管理制度。食品生产经营企业应当配有取得资质的食品卫生管理员及相关责任制度。第四，建立食品安全溯源制度，提高食品的可溯源性，增强消费者对食品安全的信息。
《计划》确定阶段性目标，2003年开始推行食品生产经营企业食品卫生管理员制度。2004年开始建立食品生产经营企业诚信公告制度。所有保健食品生产企业2004年达到保健食品良好生产规范要求。2005年制定并实施不合格食品收回管理规范及食品安全溯源管理规范。乳制品、饮料、罐头食品、低温肉制品、水产品加工等食品生产加工企业2005年实施卫生部制定的国家食品卫生规范（或食品企业良好生产规范）要求。
所有餐饮、快餐供应企业、食品储藏运输企业2006年实施卫生部制定的国家食品卫生规范要求。乳制品、果蔬汁饮料、碳酸饮料、含乳饮料、罐头食品、低温肉制品、水产品加工企业、学生集中供餐企业实施HACCP管理。在酱油、食醋、面粉加工、食用植物油、肉品屠宰、熟肉制品、酒类、糖果、蜜饯、糕点等食品加工企业实施卫生部制定的国家食品卫生规范（或食品企业良好生产规范）要求。
酱油、食醋、植物油、熟肉制品等食 加工企业、餐饮业、快餐供应企业和医院营养配餐企业2007年实施HACCP管理。
计划还指出，卫生部要依法行使主管全国食品卫生的职责，加大监管力度，组织制定全国食品卫生监管人员、经费、装备的标准，确定食品安全监管工作的优先地位。地方各级卫生行政部门将食品安全作为监督工作的重要内容，列入工作计划，加强领导，重点扶持。
